بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq
محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 8، شماره: 1
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 373
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARGU-8-1_005
تاریخ نمایه سازی: 27 بهمن 1401
چکیده مقاله:
برنامه های بهگزینی روی لاین آرین، بدون توجه به توسعه اندام های حیاتی بدن، از جمله قلب سبب شده که این لاین به یکی از لاین های بسیار حساس نسبت به سندروم آسیت شناخته شود. از اینرو، این مطالعه با هدف شناسایی ژن ها و شبکه های ژنی درگیر با آپوپتوزیس قلبی در سلول های بافت قلب مرغان حساس و مقاوم به آسیت لاین آرین انجام شد. بدین منظور، دو نمونه حساس و دو نمونه مقاوم استخراج RNA و اطلاعات ترانسکریپتومی آنها با استفاده از توالی یابی نسل جدید RNA-Seq بدست آمد. تعیین کیفیت داده و حذف آلودگی آن با استفاده از نرمافزارهای FastQC و Trimmomatic صورت گرفت. همچنین تفریق بیان ژن با استفاده از نرم افزارهای Cuffmerge، Cufflink و Cuffdiff امکانپذیر شد. ۲۰۰۳۴ ژن در مجموع نمونه ها مشاهده شدند که بعد از جداسازی ژنهای با میزان بیان معنیدار نمونههای مقاوم نسبت به حساس، در مجموع ۲۹۱ ژن با ۶۶ مسیر زیستی مرتبط دانسته شدند، که در این میان، ۵۳ ژن در مسیر زیستی آپوپتوزیس ارتباط معنیدار داشتند. بررسی فرآیندهای زیستی هستیشناسی ژن های معنیدار در نمونههای مقاوم به آسیت برای مسیر زیستی آپوپتوزیس نشان دادند که مسیرهای تنظیم فرآیند سلولی و تنظیم منفی آپوپتوزیس به طور معنیداری تحت تاثیر آسیت قرار دارند (۰۱/۰>FDR). شبکه ژنی ترسیم شده نشان داد که ژنهای MEF۲A، FGF۱۰، CDK۱ و MAD۲L۱ دارای بیشترین ارتباط ژنی در شبکه ژنی هستند. بنابراین اصلاح نژاد مبتنی بر این ژنها و طراحی دارو ممکن است در کنترل آپوپتوزیس ناشی از سندروم آسیت موثر باشد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سعید صحرایی
دانشجوی دوره دکتری تخصصی، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
محمدرضا نصیری
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
علی جوادمنش
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
رضا توحیدی
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، موسسه آموزش و تحقیقات تربت جام
اسماعیل ابراهیمی
دانشیار، گروه بیومدیکال مولکولی، دانشگاه آدلاید استرالیا
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :