مقاله علمی – پژوهشی: اثرات تنطیمی سیس و ترانس LncRNA در بیان افتراقی ژن ها طی آلودگی ویروس سپتی سمی خونریزی دهنده (Viral Hemorrhagic Septicemia) در ماهی قزل آلای رنگین کمان (Oncorhyncus mykiss)
محل انتشار: مجله علمی شیلات ایران، دوره: 31، شماره: 4
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 410
فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ISFJ-31-4_001
تاریخ نمایه سازی: 8 آبان 1401
چکیده مقاله:
در این مطالعه با استفاده از فناوری RNA-seq اثر تنظیمی سیس و ترانس ژن های غیر کد شونده بلند (lncRNA) در بیان ژن ها در ماهیان آلوده به ویروس سپتی سمی هموراژیک خونریزی دهنده (VHS) مورد بررسی قرار گرفت. در پایان دوره آزمایشی (روز سی و پنجم)، RNA کل از بافت طحال (گروه تیمار شده با ویروس) و سرم فیزیولوژی (گروه شاهد) و برای آماده سازی کتابخانه برای mRNA-seq، مورد استفاده قرار گرفت. نتایج آنالیز RNA-seq، نشان داد که تعداد ۶۳ ژن lncRNA دارای بیان افتراقی بوده است که با ۹۲ ژن کد شونده به صوت سیس در محدوده ۲۰ هزار باز بالا دست و پایین دست ژن های مورد نظر ارتباط داشتند. از میان جفت ژن های کد شونده و lncRNA، آنهایی که همبستگی بیانی بیشتر از مثبت ۹۰ درصد و کمتر از منفی ۹۰ درصد داشتند به ترتیب به عنوان جفت ژن های با بیان هم راستا و غیر هم راستا مورد ارزیابی قرار گرفتند. ژن های کد شونده Interlukin۱۰،BHLHE۴۱، RBP۴۷، gastrotropin، synaptopodin، OX۲ و SMC۲ با ۸ و ۱۳ ژن lncRNA به ترتیب دارای ارتباط سیس و ترانس بودند. ژن های Interlukin۱۰، gastrotropin، synaptopodin، OX۲، SMC۲ و دو ژن RBP۴۷ و BHLHE۴۱ به ترتیب در گروه تیمار ویروسی و گروه شاهد بیان بالاتری نشان دادند. تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن ها نشان دهنده فعالیت ژن های سایتوکینی از جمله ژن اینترلوکین ۱۰ بود که در پاسخ های التهابی در سیستم ایمنی نقش مهمی دارد.
کلیدواژه ها:
Rainbow trout fish ، VHS virus ، RNA-seq ، lncRNA ، Cis and trans ، ماهی قزل آلای رنگین کمان ، ویروسVHS ، RNAseq ، lncRNA ، سیس و ترانس
نویسندگان
محمود توکلی الموتی
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
قدرت رحیمی میانجی
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
اردشیر نجاتی جوارمی
هلدینگ مبارک اندیش
ایوب فرهادی
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :