ارزیابی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های مرغ بومی ایران به منظور حفظ ذخایر ژنتیکی

هدف: اقلیم های آب و هوایی گوناگون ایران باعث بوجود آمدن تنوع ژنتیکی قابل توجهی در اکوتیپ های مرغ بومی گردیده است. انتخاب مصنوعی برای پیشرفت ژنتیکی در صفات اقتصادی منجر به کاهش تنوع ژنتیکی در گونه­های اهلی دام و طیور  می‎گردد. از طرف دیگر با شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های بومی و مدیریت برنامه های بهنژادی می توان همراه با حفظ تنوع ژنتیکی از افزایش بهره‎وری در جمعیت های مرغ بومی نیز سود جست. با این حال تاکنون مطالعه ایی در سطح ژنوم برای شناسایی خصوصیات ژنتیکی مرغ بومی صورت نگرفته است.  هدف این پژوهش شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های مرغ بومی ایران برای هدف گذاری مناسب برنامه های بهنژادی و حفاظت ژنتیکی می باشد.مواد و روش ها: در این مطالعه داده های ژنومی ۵۱ قطعه از اکوتیپ های مرغ بومی، ۱۱ قطعه از لاین آرین و ۱۰ قطعه از  نژاد لگهورن از بخش علوم دامی دانشگاه شهید باهنر کرمان تهیه شد. نقشه گذاری با ژنوم رفرنس بوسیله برنامه BWA انجام شد. شناسایی واریانت تک نوکلئوتیدی  بوسیله نرم افزار GTAK انجام گرفت. بررسی روابط فیلوژنتیکی با استفاده از روش  اتصال مجاورین و نرم افزار مگا (نسخه ۷) انجام شد. محاسبه Fst و بررسی همخونی بین جمعیت ها با استفاده از برنامه های Admixture و VCFtools انجام گرفت.نتایج: درصد همردیفی با ژنوم مرجع برای تمامی نمونه های مورد بررسی بین ۸۳ تا ۹۵ درصد گزارش شد و تعداد ۵۶/۱۴ میلیون چند­ریختی تک نوکلئوتیدی از ژنوم مرغ های بومی و تجاری گزارش شد. نتایج واکاوی درخت فیلوژنی  نشان داد که تقریبا  اکوتیپ های مورد مطالعه در گروه های جداگانه ایی قرار می گیرند. بر اساس این نتایج می توان بیان داشت که اکوتیپ های مرغ بومی شباهت ژنتیکی بیشتری به لاین آرین دارند و  نسبت به نژاد لگهورن دارای شباهت ژنتیکی کمتری می باشند. یافته های به دست آمده از بررسی سطح هم خونی و آماره Fst نیز تایید کننده نتایج آنالیز فیلوژنی بود. برای نمونه، بیشترین مقدار Fst  بین نژاد لگهورن و اکوتیپ مرندی به میزان  ۲۱۹/۰ تعیین شد.  نتیجه گیری: با توجه به قرابت ژنتیکی بیشتر اکوتیپ های مرغ بومی با لاین آرین، با هدف گذاری برنامه های بهنژادی برای صفات تولید گوشت در جمعیت های مرغ بومی، می توان پیشرفت ژنتیکی بیشتری را برای این صفات انتظار داشت. با هدفمند شدن برنامه های بهنژادی می توان از ذخایر ژنتیکی در جهت افزایش بهره وری همراه با حفظ تنوع ژنتیکی اکوتیپ ها سود جست.

کلیدواژه ها:

چند ریختی تک نوکلئوتیدی ، حفاظت ژنتیکی ، مرغ بومی