بررسی سه روش پویش کل ژنوم در شناسایی جایگاه های ژنی با بکارگیری داده شبیه سازی شده

زمینه مطالعاتی: شناسایی متغیرهای موثر بر صفات کمی در اصلاح نژاد دام اهمیت بالایی دارد. هدف: در این پژوهش توانایی سه روش مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس تک- چند شکلی تک نوکلئوتیدی یا SSGWAS، مکان یابی وراثت پذیری ناحیه ای (RHM) و آزمون پویش سریع مبتنی بر سطح بندی (fastBAT) برای شناسایی متغیرهای ژنتیکی موثر بر صفات کمی، مورد بررسی قرار گرفته است. روش کار: یک جمعیت گاوی با اندازه ۴۰۴۰ راس دام شبیه سازی شد. برای این جمعیت ۳ جفت کروموزم غیر جنسی با تعداد ۲۷۵۸۶ چند شکلی تک نوکلئوتیدی برای هر کروموزم در نظر گرفته شد. شبیه سازی در قالب ۳ سناریو با تعداد ۷۵، ۱۵۰ و ۳۰۰ جایگاه صفت کمی و با در نظر گرفتن ۱۰ تکرار برای هر سناریو انجام شد. در بررسی متغیرها ماتریس های روابط کل ژنوم و روابط ژنتیکی مبتنی بر شجره در مدل مورد استفاده قرار گرفت. برای مقایسه توانایی روش ها در شناسایی QTL ها از معیار تعداد SNP های معنی دار در مجاورت با QTL ها استفاده گردید. نتایج: از مجموع ۳۰ تکرار شبیه سازی شده، در روش SSGWAS تعداد ۱۶ QTL شناسایی شد که ۲ QTL دارای فراوانی آلل نادر یا MAF کوچکتر یا مساوی ۱/۰ بوده و سایر QTL ها با MAF بالاتر از ۱/۰ شناسایی شدند. در روش fastBAT ۱۰۷ ناحیه معنی دار شناسایی شد که همه این نواحی حاوی QTL شبیه سازی شده بود. در این روش تعداد ۱۲۰ QTL در ۳ سناریو شناسایی شد که تعداد ۵۲ QTL با MAF کوچکتر یا مساوی ۱/۰ شناسایی شدند. همه QTL های شناسایی شده در دو روش fastBAT و SSGWAS در روش RHM نیز شناسایی شد. در RHM تعداد ۶۱۲ ناحیه معنی دار شناسایی شد که همه این نواحی حاوی QTL شبیه سازی شده بودند. در این روش تعداد ۳۱۶ QTL با MAF کوچکتر یا مساوی ۱/۰ شناسایی شد. نتیجه گیری نهایی: نتایج این بررسی نشان می دهد که روش RHM قابلیت بالاتری نسبت به دو روش دیگر در شناسایی QTL های موثر بر واریانس صفت کمی دارد.

کلیدواژه ها:

جایگاه صفات کمی ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی ، شبیه سازی ، مطالعه پویش کل ژنوم