پیش بینی و تایید in silico ریزRNA ها در بافت های مختلف گوسفند با منشا کروموزوم۲۰
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 334
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASR-11-2_008
تاریخ نمایه سازی: 24 اسفند 1400
چکیده مقاله:
در سالهای اخیر با روشنشدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژنهای ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کردهاست از سویی دیگر روشهای بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینهی کمتری پیش برود. تحقیقات در سالهای اخیر بر روی گونههای زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعثشده تا در این گونهها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونهی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود دارد. در این مطالعه پس از پیشبینی ریزRNAهای کروموزوم ۲۰ گوسفند، جهت تایید با اورتولوگها در سایر گونهها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از دادههای ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از دادههای شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل ۴۰۰ ریز RNA و از این تعداد ۸۱ ریزRNA جدید در کروموزوم ۲۰ گوسفند پیشبینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد ۳۳ ریزRNA فقط در بافت عضله، ۱۰ ریزRNA فقط در بافت کبد، ۳۵ ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و ۳ ریزRNA نیز در مخلوط بافتهای قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد ۶۴ ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر ۶۷ و ۹۵ درصد ارزیابی شد و از این رو میتوان گفت این روش میتواند به عنوان مکمل روشهای پیشبینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
وحیده عباسی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
محمد رضا نصیری
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
علی جوادمنش
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :