ارزیابی بیوانفورماتیکی آنزیم لینالول سینتاز گیاه گشنیز در سطوح مختلف ساختارهای پروتئینی
محل انتشار: اولین همایش ملی کاربرد پژوهش های نوین شیمی و کشاورزی در توسعه گیاهان دارویی (با محوریت گشنیز)
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 450
فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
CAMCS01_015
تاریخ نمایه سازی: 27 دی 1400
چکیده مقاله:
متابولیت ترپنوئیدی لینالول به عنوان مهم ترین جز تشکیل دهنده ی روغن گیاه گشنیز شناخته می شود. آنزیم لینالول سینتاز مهم ترین آنزیم مسیر بیوسنتز این ترکیب می باشد. در پژوهش حاضر توالی آمینواسیدی آنزیم لینالول سینتاز در سطوح مختلف ساختاری موردارزیابی قرار گرفت. به طوری که ترکیب آمینواسیدی پروتئین مورد نظر همراه برخی از ویژگی های فیزیکوشیمیایی شامل وزن مولکولی، فرمول شیمیایی، pH ایزوالکتریک PI ، شاخص پایداری، شاخص الیفاتیک مقدار GRAVY با استفاده از ابزار ProtParam محاسبه شد، در ادامه جهت پیش بینی ساختار دوم پروتئین از دو وب سرور SOPMA و PSIpred و جهت پیش بینی و ارزیابی ساختار سه بعدی پروتئین از دو وب سرور SWISS-MODEL و PROCHECK استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد که پروتئین لینالول سینتاز دارای وزن مولکولی ۶۸۷۸۳.۵۸ دالتون و فرمول شیمیایی C۳۱۰۶H۴۷۸۷N۸۱۳O۹۰۴S۲۵ می باشد PI و شاخص پایداری این پروتئین به ترتیب ۵/۲۹ و ۴۳.۱۱ پیش بینی شد. شاخص آلیفاتیک و GRAVY به ترتیب ۸۹/۳۶ و -۰/۳۳۱ تخمین زده شد. برآورد ترکیب آمینواسیدها نشان داد که بیشترین و کمترین تعداد آمینواسید حاضر در ساختار آن به ترتیب مربوط به آمینواسیدهای لوین ۱۰/۷ درصد و سیستین ۱/۵ درصد است. ارزیابی ساختار دوم نشان داد که مارپیچ آلفا، ساختار ثانویه ی غالب ۶۳/۲۲ درصد در این پروتئین است. برنامه SWISS–model ساختارکریستال با رزولوشن ۲/۳ انگسترم و = PDB id ۵uv۰.۱.A با ۵۱/۱۱ درصد یکسانی با توالی هدف را به عنوان ساختار منتخب معرفی کرد. دسترس بودن اطلاعات بیوانفورماتیکی در مورد پروتئین ها می تواند بستری روشن تری برای طراحی برنامه های مهندسی پروتئین در آینده فراهم کند
کلیدواژه ها:
نویسندگان
الهام یونسی ملردی
فارغ التحصیل دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران