داکینگ مولکولی پپتید ۳۶ CLF با آنتی ژن های سطحی ویروس آنفلوانزای طیور تحت تیپ H۵N۸

H۵N۸ از جمله تحت تیپ های ویروس آنفلوانزای طیور در ایران است که علاوه بر خسارات در این صنعت می تواند انسان را نیز درگیر کند. از جمله مشکلات در ارتباط با ویروس آنفلوآنزا می توان به افزایش مقاومت سویه های در حال گردش این ویروس نسبت به مهارکننده های ضدویروسی کنونی است که شناسایی مواد ضدویروسی جدید را الزامی می سازد. از جمله این ترکیبات می توان به پپتید ضدویروسی CLF۳۶ اشاره کرد که حاصل اتصال دو پپتید از پروتئین لاکتوفرین شتری (کایمر لاکتوفرین شتری) می باشد که بعضا فعالیت ضدمیکروبی بیشتری را نسبت سایر گونه ها نظیر گاو نشان داده است. هدف از این پژوهش بررسی برهمکنش پپتید CLF۳۶ با آنتی ژن های ویروس آنفلوانزای طیور تحت تیپ H۵N۸ از طریق داکینگ مولکولی می باشد. خواص فیزیکوشیمیایی پپتید CLF۳۶ با استفاده از نرم افزار CLC Main Workbench ۵ بررسی و سپس ساختار سوم این پپتید و آنتی ژن های سطحی ویروس از طریق نرم افزار I-TASSER و Swiss-Model پیش بینی شدند. در ادامه، برهمکنش های پپتید CLF۳۶ با آنتی ژن های سطحی با استفاده از نرم افزار آنلاینClusPro۲.۰ و تصحیح ساختارها از طریق نرم افزار YASARA Energy Minimization صورت گرفت. میزان صحت ساختارها از طریق نرم افزار SAVES v۵.۰ مورد ارزیابی قرار گرفتند. در پایان نتایج داکینگ با استفاده از نرم افزار PYMOL بررسی شدند. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که انرژی موقعیت اتصال برای آنتی ژن های هماگلوتنین (HA)، نورآمینیداز (NA) و پروتئین ماتریکس ۲ (M۲) به ترتیب -۶۷۴.۲، -۵۷۳.۴، -۵۶۷.۰ می باشد. بیشترین اسیدآمینه های درگیر در اتصالات هیدروژنی برای هر سه آنتی ژن مربوط به اسیدآمینه های لیزین و آرژینین بود. همچنین نتایج حاکی از آن بود که پپتید به جایگاه فعال مربوط به دو آنتی ژن HA و NA متصل نشده است؛ در حالیکه این پپتید به جایگاه M۲e از M۲ متصل شده است که این ناحیه غنی از اپی توپ می باشد. اسیدآمینه های پرولین ۱۰ و گلوتامیک اسید هشت مربوط به ناحیه ی M۲e می باشد که به ترتیب با اسیدآمینه های آرژینین ۲۷ و ۲۲ از پپتید CLF۳۶ پیوند هیدروژنی برقرار کرده اند. با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه امید است در آینده بتوان از اینگونه پپتیدها برای درمان آنفلوانزای طیور با حداقل عوارض جانبی استفاده کرد.   

کلیدواژه ها:

H۵N۸ ، CLF۳۶ ، داکینگ مولکولی ، هماگلوتنین ، نورآمینیداز ، پروتئین ماتریکس ۲