PARAMATICA: A MATHEMATICA Package for Biomolecular Force Field Development
محل انتشار: پانزدهمین سمینار شیمی فیزیک ایران
سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 72
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
ISPTC15_0036
تاریخ نمایه سازی: 11 دی 1400
چکیده مقاله:
Popular biomolecular force fields (FF) such as AMBER, CHARMM, OPLS and GROMOS were designed, parameterized and continuously refined for main classes of biomolecules. Many research works deal with problems in which a novel residue, ligand or organic molecule is present in the system and thus researchers seek for new parameters that should be in agreement with the FF applied to other parts of the system. There are many alternative solutions for such problems but many of them provide general low quality parameters. A high quality receipt implies a high level of customization which is not a trivial task. In this work we review the current status of the PARAMATICA package that is designed for development of biomolecular FFs to new molecules.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
M. H. Karimi-Jafari
Department of Bioinformatics, Institute of Biochemistry and Biophysics, University of Tehran, Tehran, Iran.