A Multi-Faceted Approach for Prediction of Genome Safe Harbor Loci in the Chicken Genome
محل انتشار: مجله سلول و تحقیقات مولکولی، دوره: 13، شماره: 1
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 256
فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JCMR-13-1_001
تاریخ نمایه سازی: 22 آذر 1400
چکیده مقاله:
To achieve a reliable and persistent expression, the transgene should be precisely integrated into the genome safe harbor (GSH) loci. Little attention has been paid to find the safe harbor loci of the chicken (Gallus gallus domesticus) genome. Identification and characterization of GSH loci that allow the persistent and reliable expression of knock-in genes could be a major area of interest within the field of transgenic technology and is central to the development of transgenic livestock. Randomly integrated transgenes might encounter position effects and epigenetic silencing, so unstable phenotypes, as well as unreliable and unpredictable expression of the knock-in transgene could occur. In contrast to random gene insertion, site-specific gene targeting provides a superior strategy that exploits homologous recombination to insert a transgene of interest into a pre-determined locus. In this study, based on bioinformatics, gene expression atlas, and Hi-C analyses, the GSH region was predicted in the chicken genome between DRG۱ and EIF۴ENIF۱ genes. To do so, we introduce a fast and easy-to-use pipeline that allows the prediction of orthologue GSH loci in all organisms, especially chickens. In addition, the procedure to design targeting vectors for targeting these predicted GSH regions is described in detail.
کلیدواژه ها:
Genome safe harbor loci ، Genetically engineered birds ، transgenic chicken ، CRISPR/Cas۹ ، Gene expression atlas ، Hi-C map
نویسندگان
Nima Dehdilani
Division of Biotechnology, Faculty of Veterinary Medicine, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
Mohsen Fathi Najafi
Education and Extension Organization (AREEO), Agricultural Research, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Mashhad Branch, Mashhad, Iran
Hesam Dehghani
Division of Biotechnology, Faculty of Veterinary Medicine, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :