شناسایی مسیرها و ژن‎های کاندید مقاومت به بیماری آسکوکیتا در یک واریته موتانت نخود به روش آنالیز RNA-Seq

  نخود در طول دوره رشد با تنش های زیستی و غیرزیستی مختلفی درگیر است. سوختگی آسکوکیتایی یکی از مخرب ترین تنش های زیستی کاهنده عملکرد این محصول می باشد. اصلاح برای دست یابی به ارقام مقاوم مهم ترین روش برای مقابله با این بیماری است. بررسی الگوی بیان ژن‎ها و مشخص کردن ژن‎های مقاوم به بیماری با استفاده از تکنیک RNA-Seq اطلاعات ارزشمندی را در اختیار اصلاحگران قرار می دهد. در این تحقیق الگوی بیان دو واریته حساس (C-۷۲۷) و مقاوم (C-۸۸) به بیماری آسکوکیتا تحت آلودگی، مورد بررسی قرار گرفت. استخراج RNA از برگ های گیاهان تحت بیماری آسکوکیتا انجام گرفته به همین منظور سه نمونه بیولوژیک ادغام شده و یک نمونه از هر واریته مورد توالی یابی قرار گرفت. توالی یابی با Illomina HiSeq انجام شد. و کتابخانه RNA عاری از RNA ریبوزومی تهیه گردید درنتیجه ۸۲۸۴۸۲۵۰ خوانش از CM-۸۸ و ۷۲۳۴۶۶۸۰ خوانش از C-۷۲۷ به دست آمد. در مجموع ۳۱۰۶ ژن با بیان افتراقی مشخص گردید. از این بین ۱۵۴۶ ژن در CM-۸۸ نسبت به C-۷۲۷ کاهش بیان و ۱۵۶۰ ژن افزایش بیان داشتند. پس از آنالیز KEGG، ۱۲۸۵ ژن در ۱۲۲ مسیر زیستی KEGG قرار گرفتند. از ۱۲۸۵ ژن، ۶۲۷ ژن در واریته CM-۸۸ نسبت به واریته C-۷۲۷ کاهش بیان داشته و ۶۰۷ ژن افزایش بیان داشتند. نتایج آنالیز KEGG نشان داد مسیر N-Glycan biosynthesis، مسیر سنتز اسید آمینه آرژنین و یک عامل رونویسی که در القای هورمون های مربوط به سیگنال های دفاعی نقش دارند ممکن است در مقاومت به بیماری آسکوکیتا در واریته های مورد مطالعه نقش داشته باشند.  

کلیدواژه ها:

Ascochyta blight ، Chickpea ، Glycans ، KEGG ، Proline ، RNA-Seq ، آسکوکیتا بلایت ، نخود ، گلیکان‎ها ، KEGG ، پرولین ، RNA-Seq