شناسایی ژن های مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید در میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis (L.) Schrad.) با استفاده از تکنیک توالی یابی RNA
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 230
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJMAPR-35-4_012
تاریخ نمایه سازی: 6 مهر 1400
چکیده مقاله:
شناسه دیجیتال (DOR):۹۸.۱۰۰۰/۱۷۳۵-۰۹۰۵.۱۳۹۸.۳۵.۶۹۱.۹۶.۴.۱۵۸۸.۶۵ توالی یابی RNA در حال حاضر یک انتخاب موثر و پرسرعت برای مطالعه ترانسکریپتوم گونه های گیاهی غیر مدل است که برای شناسایی شبکه های ژنی و الگوهای بیان ژن های تولیدکننده متابولیت های ثانویه در اندام های مختلف گیاهان استفاده می شود. اصلی ترین ترکیب ها در بافت های میوه و برگ گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis (L.) Schrad.) را ترپنوئیدها، فلاونوئیدها و آلکالوئیدها تشکیل می دهند. در این مطالعه، ترانسکریپتوم میوه گیاه هندوانه ابوجهل با استفاده از تکنیک توالی یابی RNA، بن سازه Iluumina HiSeq۲۵۰۰ اجرا گردید. بعد از کنترل کیفیت با استفاده از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic تعداد ۲۱، ۹۵۲ و ۸۸۵ خوانش دارای کیفیت بالا تولید شد و با استفاده از برنامه Evidential-gene به صورت نوپدید یکپارچه سازی شد که منتهی به تولید ۵۵ و ۳۱۱ تک ژن دارای N۵۰ برابر ۹۲۷ جفت باز گردید. توالی تک ژن های یکپارچه شده در پایگاه KAAS بارگذاری شد. در مجموع ۱۳، ۶۵۷ تک ژن تفسیر شد که این تعداد در ۱۳۴ مسیر زیستی قرار گرفتند. مسیر "اسکلت ترپنوئید" با تعداد ۹۳ تک ژن از پرتعدادترین مسیرهای شناسایی شده از میان ۱، ۵۵۲ تک ژن مسیر بیوسنتز متابولیت ثانویه بود. با بررسی تک ژن های مرتبط با مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید، ۲۹ شناسه ژنی (K) شناسایی شد که تمام ژن های دو مسیر اصلی بیوسنتزی اسکلت ترپنوئیدی: مسیر سیتوزولی موالونیک اسید (MVA) و پلاستیدی متیل-ارتریتول-فسفات (MEP) از ابتدای مسیر تا تولید ایزوپنیل دی فسفات (IPP) را شامل می شود. شناسایی ژن های مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید امکان تحقق توسعه تجاری محصول گیاه دارویی که پایه ای برای پژوهش های آینده مربوط به شناسایی مسیرهای بیوسنتزی سایر متابولیت های اختصاصی، مهندسی متابولیت، اصلاح مولکولی و به نژادی گیاهان دارویی است را فراهم می کند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
معصومه درافشان
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
مهدی سلطانی حویزه
مربی، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران
وحید شریعتی
استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :