ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

شناسایی ژن های مسیر بیوسنتزی تری ترپن و سزکویی ترپن در میوه هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis L.) با استفاده از فناوری توالی یابی نسل جدید (NGS)

محل انتشار: مجله تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران، دوره: 36، شماره: 3
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 307

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1277111

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJMAPR-36-3_003

تاریخ نمایه سازی: 6 مهر 1400

چکیده مقاله:

شناسه دیجیتال (DOR):۹۸.۱۰۰۰/۱۷۳۵-۰۹۰۵.۱۳۹۸.۳۶.۳۹۰.۱۰۱.۳.۱۵۸۸.۴۱ شناسایی ژن های بیوسنتز کننده متابولیت های اختصاصی گیاهان دارویی امروزه با سرعت و دقت فراوان با استفاده از فناوری های جدید مطالعه ترنسکریپتوم مانند توالی یابی RNA انجام می شود. این مطالعه به منظور شناسایی ژن های اختصاصی مسیر بیوسنتز تری ترپن ها و سزکویی ترپن های موجود در بافت میوه هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis L.) انجام شد. با استخراج RNA از بافت میوه های هندوانه ابوجهل برداشت شده از منطقه اندیمشک واقع در استان خوزستان در سال ۱۳۹۶، تکنیک توالی یابی RNA با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq ۲۵۰۰ اجرا شد. مراحل بیوانفورماتیکی شامل یک پارچه سازی نوپدید با استفاده از نرم افزار Evidential-gene و تفسیر کارکردی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KAAS انجام گردید. از تعداد ۲۱۹۵۲۸۸۵ توالی دارای کیفیت بالا، تعداد ۵۵۳۱۱ تک ژن یک پارچه تولید شد و این تک ژن ها به صورت موازی در پایگاه های اطلاعاتی مختلف بارگذاری شدند. در پایگاه KAAS تعداد ۱۷۳۵۹ تک ژن در ۱۳۴ مسیر گیاهی آنوتیت (Annotate) شدند. از میان مسیرهای متابولیت های ثانویه مختلف و مهم در بافت میوه گیاه هندوانه ابوجهل، به مسیر ژنی "تری ترپن ها" و" سزکویی ترپن ها" تعداد ۳۹ تک ژن و ۸ ژن اورتولوگ اختصاص داشت. آنالیز ترنسکریپتوم این گیاه دارویی با هدف شناسایی ژن های مسیرهای بیوسنتزی متابولیت های ثانویه جنبه های پژوهشی و اجرایی مختلفی ازجمله مهندسی مسیر بیوسنتز متابولیت های دارویی گیاهی را زمینه سازی می کنند.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

معصومه درافشان

دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران

مهدی سلطانی حویزه

مربی، گروه ژنتیک و به نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران

وحید شریعتی

استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abo, K., Fred-Jaiyesimi, A. and Jaiyesimi, A., ۲۰۰۸. Ethnobotanical studies ...
  • Amiripour, M., Sadat Nouri, S.A., Shariati, V. and Soltani Howyzeh, ...
  • Bains, S., Thakur, V., Kaur, J., Singh, K. and Kaur, ...
  • Bhambhani, S., Lakhwani, D., Gupta, P., Pandey, A., Dhar, Y.V., ...
  • Boutanaev, A.M., Moses, T., Zi, J., Nelson, D.R., Mugford, S.T., ...
  • Celedon, J.M., Chiang, A., Yuen, M.M., Diaz-Chavez, M.L., Madilao, L.L., ...
  • Chen, Q., Ma, C., Qian, J., Lan, X., Chao, N., ...
  • Cuong, D.M., Jeon, J., Morgan, A.M., Kim, C., Kim, J.K., ...
  • Dorafshan, M., Soltani Howyzeh, M. and Shariati, V., ۲۰۱۹. Identification ...
  • Gurudeeban, S. and Ramanathan, T., ۲۰۱۰. Antidiabetic effect of Citrullus ...
  • Han, X.J., Wang, Y.D., Chen, Y.C., Lin, L.Y. and Wu, ...
  • Javadzadeh, H.R., Davoudi, A., Davoudi, F., Valizadegan, G., Goodarzi, H., ...
  • Jiang, Z., Kempinski, C., Bush, C.J., Nybo, S.E. and Chappell, ...
  • Langenheim, J.H., ۱۹۹۴. Higher plant terpenoids: a phytocentric overview of ...
  • Lee, H.A., Kim, S., Kim, S. and Choi, D., ۲۰۱۷. ...
  • Luo, H., Sun, C., Sun, Y., Wu, Q., Li, Y., ...
  • Miettinen, K., Inigo, S., Kreft, L., Pollier, J., De, Bo. ...
  • Miettinen, K., Pollier, J., Buyst, D., Arendt, P., Csuk, R., ...
  • Moses, T., Papadopoulou, K.K. and Osbourn, A., ۲۰۱۴. Metabolic and ...
  • Moses, T., Pollier, J., Shen, Q., Soetaert, S., Reed, J., ...
  • Padilla-Gonzalez, G.F., dos Santos, F.A. and Da Costa, F.B., ۲۰۱۶. ...
  • Rabbani, B., Nakaoka, H., Akhondzadeh, S., Tekin, M. and Mahdieh, ...
  • Rai, A., Yamazaki, M., Takahashi, H., Nakamura, M., Kojoma, M., ...
  • Seki, H., Tamura, K. and Muranaka, T., ۲۰۱۵. P۴۵۰s and ...
  • Si, Y., Dane, F., Rashotte, A., Kang, K. and Singh, ...
  • Soltani Howyzeh, M., Sadat Nouri, S.A., Shariati, V. and Amiripour, ...
  • Sun, H., Li, F., Xu, Z., Sun, M., Cong, H., ...
  • Tang, Q., Ma, X., Mo, C., Wilson, I.W., Song, C., ...
  • Tao, T., Liu, X., Chang, J., Xu, F. and Yin, ...
  • Thimmappa, R., Geisler, K., Louveau, T., O'Maille, P. and Osbourn, ...
  • Tian, X., Ruan, J.X., Huang, J.Q., Yang, C.Q., Fang, X., ...
  • Uma, C. and Sekar, K., ۲۰۱۴. Phytochemical analysis of a ...
  • Upadhyay, B., Roy, S. and Kumar, A., ۲۰۰۷. Traditional uses ...
  • Wang, Z., Hu, H., Goertzen, L.R., McElroy, J.S. and Dane, ...
  • Wu, D., Austin, R.S., Zhou, S. and Brown, D., ۲۰۱۳. ...
  • Zhan, C., Li, X., Zhao, Z., Yang, T., Wang, X., ...
  • Zhang, W., Tao, T., Liu, X., Xu, F., Chang, J. ...
  • Zheng, X., Xu, H., Ma, X., Zhan, R. and Chen, ...
    • نمایش کامل مراجع