کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران

     هدف این مطالعه پیدا کردن نشانه­های انتخاب در گاو­هابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد ۲۹۶ راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k ۴۰ شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد ۴۳ دام به ­دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با  ۰۹/۰ حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با ۰۱/۰ و تعادل هاردی واینبرگ (برابر۶-۱۰) به ۲۸۷۸۲ نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ­ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مولفه­ های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه­ های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین­ گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم ­افزار Haploview بدست آمد که کروموزوم­های ۲، ۵، ۶، ۷، ۱۰، ۲۲، ۲۵ ،۲۷ دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانه­های انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم­ افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاه­هایی که نشانه­ های انتخاب را نشان دادند وب سایت­های بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم ۲ ژن EIF۴G۳ شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم ۶ ژن ANK۲ شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می­ کند و در تمام بافت­ ها بیان می­ شوند. در کروموزم ۷ ژن ARHGAP۲۶ شناسایی که به­ عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم ۱۰ ژن کدکننده پروتیین SYNJ۲BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می ­باشد. در کروموزوم ۲۲ ژن کد کننده پروتیین FAM۳D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکرد­های بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خون­سازی نقش دارد.    

کلیدواژه ها:

Extended Haplotype Homozygosity ، Principal Component Analysis ، Selection Signature ، Statistics Theta ، آنالیز مولفه­ های اصلی ، آماره تتا ، آماره هموزیگوسیتی هاپلوتایپ توسعه یافته