کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 183
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-9-20_011
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
چکیده مقاله:
هدف این مطالعه پیدا کردن نشانههای انتخاب در گاوهابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد ۲۹۶ راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k ۴۰ شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد ۴۳ دام به دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با ۰۹/۰ حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با ۰۱/۰ و تعادل هاردی واینبرگ (برابر۶-۱۰) به ۲۸۷۸۲ نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مولفه های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم افزار Haploview بدست آمد که کروموزومهای ۲، ۵، ۶، ۷، ۱۰، ۲۲، ۲۵ ،۲۷ دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانههای انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاههایی که نشانه های انتخاب را نشان دادند وب سایتهای بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم ۲ ژن EIF۴G۳ شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم ۶ ژن ANK۲ شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می کند و در تمام بافت ها بیان می شوند. در کروموزم ۷ ژن ARHGAP۲۶ شناسایی که به عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم ۱۰ ژن کدکننده پروتیین SYNJ۲BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می باشد. در کروموزوم ۲۲ ژن کد کننده پروتیین FAM۳D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکردهای بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خونسازی نقش دارد.
کلیدواژه ها:
Extended Haplotype Homozygosity ، Principal Component Analysis ، Selection Signature ، Statistics Theta ، آنالیز مولفه های اصلی ، آماره تتا ، آماره هموزیگوسیتی هاپلوتایپ توسعه یافته
نویسندگان
ماکان موسوی کاشانی
Department of animal science
قدرت رحیمی میانجی
Department of animal science
حسین مرادی شهربابک
Department of animal science of University of Tehran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :