اثر اندازه جمعیت مرجع و روش های استنباط ژنوتیپ بر صحت استنباط در جمعیت های خالص و آمیخته
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 218
فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-11-30_013
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
چکیده مقاله:
استنباط ژنوتیپ به عنوان یک روش تبدیل تراشه های با تراکم پایین به تراشه های با تراکم بالا به منظور افزایش صحت انتخاب ژنومی در حیوانات است. در پژوهش حاضر به منظور بررسی صحت استنباط ژنوتیپ سه جمعیت آمیخته (سناریو ۱)، خالص (سناریو ۲) و آمیخته + خالص (سناریو ۳) به کمک نرمافزار QMSim شبیه سازی شد. از دو روش استنباط ژنوتیپ Beagle و Flmpute برای دو نوع تراشه با تراکم کم و زیاد استفاده شد. اندازه جمعیت مرجع برای هر سناریو ۲۵۰، ۵۰۰ و ۱۰۰۰ حیوان انتخاب شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برای تمام سناریوها با افزایش اندازه جمعیت مرجع از ۲۵۰ به ۵۰۰ حیوان، افزایش صحت استنباط ژنوتیپ بیشتر و از ۵۰۰ به ۱۰۰۰ حیوان این افزایش، کندتر شد. صحت استنباط ژنوتیپ به کمک روش Flmpute نسبت به Beagle برای اندازه جمعیت مرجع کوچک (۲۵۰ حیوان) بیشتر نمایان شد. در اندازه های جمعیت مرجع ۵۰۰ و ۱۰۰۰ حیوان در تمام سناریوها افزایش صحت Flmpute نسبت به روش Beagle معنی دار نبود. برای سناریو ۱ میزان صحت استنباط ژنوتیپ نسبت به سناریو ۲ بیشتر برآورد شد. افزایش صحت استنباط ژنوتیپ در سناریو ۳ در مقایسه با سناریو ۱بی معنی شد. به طور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که در کشورهای در حال توسعه که جمعیت حیوانی تعیین ژنوتیپ شده کوچک در دسترس هست، برای افزایش صحت انتخاب ژنومی استفاده از روش استنباط ژنوتیپ Flmpute به کمک جمعیت آمیخته با افزایش ارتباط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و هدف می توان به عنوان یک راهکار مناسب استفاده شود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
یحیی محمدی
گروه علوم دامی دانشگاه ایلام
جواد احمدپناه
بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی کرمانشاه، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرمانشاه، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :