نقشه یابی جایگاه کمی تولید پشم در گوسفند بلوچی با استفاده از آرایه های اسنیپ گوسفندی

در این تحقیق جایگاه های مرتبط با صفت وزن بیده ناشور پشم با استفاده از ۴۲۲۳۷ نشانگر تک نوکلئوتیدی مورد شناسایی قرار گرفت. نمونه های خون از تعداد ۹۶ راس گوسفند بلوچی مربوط به دو گله ایستگاه عباس آباد مشهد همراه با اطلاعات مربوط به وزن بیده ناشور در طول ۴ سال تهیه و پس از استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ آنها با استفاده از آرایه های اسنیپ گوسفندی ۵۰ K انجام شد. برای اطمینان از کیفیت داده های حاصل از تعیین ژنوتیپ مراحل مختلف کنترل کیفیت روی داده های اولیه اعمال شد. در ابتدا نمونه هایی که فراوانی ژنوتایپینگ آنها کمتر از ۹۵ درصد بود حذف شدند. سپس اسنیپهایی که دارای حداقل فراوانی آللی و فراوانی ژنوتایپینگ به ترتیب کمتر از۵ درصد و ۹۵ درصد بودند حذف شدند. برای اسنیپ های باقیمانده، آنهایی که دارای تعادل هاردی- واینبرگ نبودند (۰/۰۰۱) به عنوان معیاری از خطای ژنوتایپینگ کنار گذاشته شدند. مراحل مختلف فیلتراسیون با استفاده از نرم افزار اکسل و PLINK نسخهء ۱/۰۶ انجام شد. برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی و جهت بررسی وجود یا عدم وجود لایه بندی جمعیتی از فاکتور تورم کنترل ژنومیک (λ) و ترسیم پلاتهای Q-Q برای هر صفت در نرم افزار Haploview نسخهء ۴/۲ استفاده شد. ارتباط ژنومی صفت مورد مطالعه در نرم افزار PLINK نسخهء ۱/۰۶ مورد آزمون قرار گرفت. نمایش پلات منهتن از مطالعه ارتباط×ژنومی×برای×صفت تولید پشم نیز از طریق نرم افزار Haploview نسخهء ۴/۲ انجام پذیرفت. مطالعهء ژنومی منجر به شناسایی ۳ جایگاه نشانگری جدید روی کروموزوم های ) ۱۷ دومنطقه) و ۲۰ با اثر معنیدار در سطح کروموزومی بر صفت وزن بیدا ناشور پشم شد. یکی از این نشانگرها در داخل ژنهای شناخته شده گوسفندی به نام FAM۱۰۱A قرار داشت. مطالعهء بیشتر این نواحی در اعتبار سنجی و شناسایی ژنهای کاندید تولید پشم در گوسفند موثر خواهد بود.

کلیدواژه ها:

ارتباط ژنومی ، جایگاه صفت کمی ، تولید پشم ، گوسفند بلوچی.