مقایسه صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط دو روش حداقل مربعات معمولی و ریدج رگرسیون در معماری متفاوت ژنتیکی

هدف از تحقیق حاضر، مقایسه دو روش حداقل مربعات معمولی (OLS) و ریدج رگرسیون (RRBLUP) در پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت در تعداد متفاوت جایگاه های صفت کمی (QTL) و وراثت پذیری با استفاده از داده های شبیه سازی میباشد. بدین منظور، ژنومی متشکل از ۳ کروموزوم هر یک به طول یک مورگان شبیه سازی شد که بر روی هر کروموزوم ۴۰۰ نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فراوانی اولیه یکسان ۰/۵ در دو سناریوی ۱۰۰ و QTL ۲۰۰ به طور یکنواخت پخش گردید. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد و در دو سطح از وراثت پذیری ۰/۲) و (۰/۵ مدلسازی شد. صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک پیش بینی شده توسط ریدج رگرسیون در تمام سناریوهای مختلف شبیه سازی، به طور چشمگیری بالاتر بود. روش ریدج رگرسیون یکی از روشهای جریمه ای بوده که دارای فاکتور جریمه ای میباشد که تمام اثرات را به سمت صفر سوق میدهد درنتیجه از بیش ازبرآورد اثرات جلوگیری میکند و همه اثرات به صورت همزمان برآورد میشوند، همچنین زمانی که بین مارکرها وابستگی وجود داشته باشد نیز دارای پایداری عددی است (برخلاف روش حداقل مربعات معمولی). افزایش فاصله بین نسل مرجع و نسل تایید ناشی از بر هم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی در تمامی سناریوها کاهش یافت. با افزایش تعداد QTL از ۱۰۰ به ۲۰۰، صحت ارزش اصلاحی ژنومیک در روش حداقل مربعات معمولی (OLS) به طور چشمگیری افزایش یافت و در روش جریمهای ریدج رگرسیون (RRBLUP) این صحت کاهش یافت. در هر دو روش با افزایش وراثت پذیری از ۰/۲ به ۰/۵ صحت به طور مشهودی افزایش یافت.

کلیدواژه ها:

ارزش اصلاحی ژنومی ، جایگاه های صفت کمی ، معماری ژنتیکی ، ژنوم ، شبیه سازی.