بررسی پروفایل ترنسکریپتوم بافت تخمدان در میشهای نژاد شال با استفاده از دادههای RNA-Seq
محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 22، شماره: 2
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 338
فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JAP-22-2_002
تاریخ نمایه سازی: 9 اردیبهشت 1400
چکیده مقاله:
هدف از این مطالعه بررسی پروفایل بیان ژن در بافت تخمدان گوسفندان شال با استفاده از دادههای توالییابی RNA بود. برای این منظور، تخمدانهای پنج راس گوسفند شال بعد از همزمانسازی فحلی جداسازی و RNA آنها با استفاده از فناوری Illumina Hiseq ۴۰۰۰ توالییابی شد. بهطور میانگین، دادههای بهدست آمده از توالییابی شامل ۲۶۶۳۸۳۱۱ جفت خوانش با نرخ نقشهیابی منحصر به فرد ۸۱/۰۸ بود. نتایج حاصل از آنالیزهای بیوانفورماتیکی، بیان ۲۱۰۸۵ ژن را در بافت تخمدان گوسفندان شال نشان داد که از این تعداد ۱۵۰۸۷ ژن دارای میانگین بیان بالاتر از ۱۰ بودند. تجزیه و تحلیل عملکردی ژنها، معنیداری (p<۰/۰۵) بود ۱۶۲ عبارت GO شامل ۴۱ فرایند بیولوژیکی، ۴۶ عملکرد مولکولی و ۷۵ جز سلولی را نشان داد. همچنین آنالیز مسیرهای KEGG ، ۱۴۹ مسیر معنی دار ( p <۰/۰۵) را شناسایی کرد که مهم ترین آن ها مسیر پیام رسانی استروژن، مسیر پیام رسانی TGF-beta و تقسیم میوز اووسیت بود. بررسی بیان ژن های عمده برای دوقلوزایی و تولیدمثل، بیان بالایی برای ژن های INHA, INHBA,BMPR۱B را نشان داد و ژن INHA یک فاکتور پاراکرین مهم در فولیکول های تخمدان جز ۱۰ ژن با بالاترین میانگین بود. همچنین ژن های FSHR, ESR۱ و ESR۲ بیان متوسط و ژن های GDF۹, BMP۱۵ و PRLR بیان پایینی در نمونه ها نشان دادند. در این مطالعه برای اولین بار ترنسکریپتوم بافت تخمدان میش های شال با استفاده از فناوری RNA-seq بطور جامع بررسی شد و این مطالعه می تواند پایه ژنتیکی مفیدی برای شناخت بهتر ژن ها و فرایندهای درگیر در تولیدمثل گوسفندان شال فراهم کند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
پروین شریعتی گزگزاره
دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
علی اکبر مسعودی
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
رسول واعظ ترشیزی
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
علی رضا احسانی
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
زینب موسویان
استادیار، گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :