شناسایی و تعیین کمی اشرشیاکلی با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز: انواع، مزایا و معایب

اشریشیا کلی (E. coli) از مهمترین باکتری هاي بیماري زا است که به طور معمول در بخش تحتانی روده موجودات خونگرم (اندوترم) وجود دارد و داراي 3 سروتیپ است که بر اساس آنتی ژن هاي اصلی سطح (آنتی ژن O: بخشی از لایه لیپوپلی ساکارید؛ :H فلاژلین و آنتی ژن Kکپسول مانند) است. با پیشرفت زیست شناسی مولکولی، طیف وسیعی از تکنیک هاي مولکولی مبتنی بر DNA جایگزین روش هاي مبتنی بر محیط کشت که دست و پاگیر شده بودند، گردید. روش هاي میکروبیولوژیکی علاوه بر وقت گیر بودن، به اندازه کافی دقیق نبوده و می توانند منجر به شناسایی و تشخیص اشتباه شوند، بنابراین براي پیشگیري و کنترل به موقع شیوع اپیدمی نامناسب است. بدین ترتیب، ماشاهد اختراع روش هاي جدیدي در این زمینه هستیم. واکنش زنجیره اي پلیمراز (PCR) بخشی از به روزترین روشهاي شناسایی بوده که براساس DNA و RNA و داراي بیشترین حساسیت است. در این بررسی خلاصه روشهاي مختلف PCR در زمان واقعی PCR-rtPCR ، تشخیص سریع زمان واقعی PCR (qPCR) و روش تفکیک تک مولکولی Droplet PCR (ddPCR)، که فوق العاده سریع تر و دقیق تراز معمول روش هاي معمول PCR موجود براي تشخیص و شناسایی سروتیپ هاي E.coli هستند، آمده است. این بررسی همچنین بینش هایی را در مورد روند فعلی تشخیص E. coli را فراهم می کند و تأیید کرده است که حساسیتی که در سطح تفکیک تک مولکولی وجود دارد بیشتر از qPCR است. یکی از مهمترین مزایاي ddPCR در نمونه هایی است که داراي مقدار نسبتًا کمی بار باکتریایی هستند، هرچند زمان بر بودن و نیاز به نیروي متخصص دو عیب ddPCR هستند.