آنالیز فیلوژنتیکی و تعیین ترادف ژن اینکلوژن بادی دو جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 6، شماره: 2
سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 278
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-6-2_001
تاریخ نمایه سازی: 15 آذر 1399
چکیده مقاله:
ویروس خراشک حلقوی میخک (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانواده ی Caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس مهم میخک پس از ویروس ابلقی میخک محسوب می شود. به منظور شناسایی ویروس مذکور، در طی بازدید از گلخانههای میخک استانهای خراسان رضوی (مشهد) و مرکزی (محلات)، نمونههای مشکوک به آلودگی جمعآوری گردید. تشخیص اولیه CERV با استفاده از آزمون سرولوژیکی الایزای غیر مستقیم صورت گرفت. استخراج DNA از برگهای تازه نمونههای آلوده، با استفاده از بافرCTAB انجام شد. در آزمون PCR پس از به کاربردن جفت آغازگرهای اختصاصی قطعه ای به اندازه 1500 جفت باز، واقع در ناحیه اینکلوژن بادی تکثیر شد. ترادف های بدست آمده، همراه با تعدادی از ترادف های کائولیموویروس های موجود در بانک ژن مقایسه شد. دندروگرام با استفاده از ترادف ژن اینکلوژن بادی با نرم افزار MEGA5 و به روش Neighbor joining ترسیم گردید. نتایج حاصل از آنالیزهای فیلوژنی نشان داد که جدایه محلات بیشترین نزدیکی را با جدایه هند (AJ853858) به میزان 4/99% دارد. از طرفی شباهت دو ایزوله ایرانی به یکدیگر 2/92% و با سایر جدایه های موجود در بانک ژن بین 90 تا 4/99% است. در بررسی تغییرات آمینواسیدی جدایه ها، بیشترین تغییرات در جدایه هلند مشاهده گردید. اگرچه تفاوت قابل ملاحظه ای به میزان 9/92-6/60% در سطح توالی های آمینواسیدی مربوط به ناحیه اینکلوژن بادی در بین کائولیموویروسها وجود داشت.
کلیدواژه ها:
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :