شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq

هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای هم­ترازی خوانش ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرم­افزار Hisat2 و جهت سرهم بندی رونوشت­ها از بسته نرم­افزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بین­ژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناسایی­شده در دو گروه بین­ژنی و اینترونی به ترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنا دار بین دو گروه شد. بررسی جایگاه های ژنی lncRNAهای با تفاوت معنا دار، نشان داد که این ژن­ها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژن های GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها هم­سو با بیان lncRNAهای هم جوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنا دار داشتند. بررسی عملکردی این ژن­ها نشان داد  که همگی در رشد عضله اسکلتی موثر هستند.  نتایج حاصل از این پژوهش  نشان داد، lncRNAهای شناسایی شده، احتمالا پتانسیل تنظیم ژن­های درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و می­توانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهده شده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.  

کلیدواژه ها:

رشد ، عضله سینه ، مرغ بومی اصفهان ، LncRNA ، RNA-seq