تکثیر و همسانه سازی ژن پروتئین حرکتی ویروس لکه حلقوی نکروتیک هسته داران در Escherichia coli

سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 349

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

PPC01_154

تاریخ نمایه سازی: 23 مهر 1398

چکیده مقاله:

ویروس لکه حلقوی نکروتیک درختان هسته دار (Prunus necrotic ring spot virus) از ویروسهای مهم آلوده کننده مختلف سبب ایجاد علائم متفاوتی میکند و در درختان علائمی چون مرگ جوانه ها، کاهش رشد و ایجاد لکه های نکروز و غربالی میکند که درنهایت سبب کاهش کمی و کیفی محصول میشود. هدف از انجام این مطالعه، شناسایی ویروس لکه حلقوی بر اساس ژن پروتئین حرکتی از باغات برخی مناطق استان زنجان و همسانه سازی آن در باکتری E.coli به منظور تهیه سازه بیانی است. بدین منظور حدود 60 نمونه مشکوک به این ویروس بر اساس علائم توصیف شده جمع آوری شد. با توجه به جدایه های ویروس لکه حلقوی نکروتیک هسته داران در بانک ژن آغازگرهای مناسب برای تکثیر کامل ژن پروتئین حرکتی با استفاده از نرم افزار Primer Primer طراحی شدند. با توجه به اینکه قطعه تکثیرشده به منظور بیان در سیستم پروکاریوتی تکثیر خواهد شد محل برش آنزیمهای مناسب (BamHI, SacI) در آغازگرهای مستقیم و معکوس جهت در قاب بودن ژن موردنظر طراحی شد. با استفاده از آغازگرهای طراحیشده در آزمون پی سی آر قطعه موردنظر تکثیر شد. جدایه های تکثیر یافته جهت بررسی تنوع ژنتیکی تعیین توالی شدند و با استفاده از نرم افزار MEAG X جایگاه فیلوژنتیکی آنها بررسی شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد ارتباطی بین موقعیت جغرافیایی و میزبان با ژن پروتئین حرکتی وجود ندارد و جدایه های موردبررسی در زیرگروه PV96-II قرار میگیرند. سپس ژن پروتئین حرکتی یکی از جدایه ها به پلاسمید pTG19 متصل با استفاده از آنزیم T4 لیگاز متصل شد. سازه ساختهشده با استفاده از روش شوک حرارتی درون سلول مستعد E.coli منتقل شدند. در مرحله بعد کلونها را با روش پیسیآر کلونی تائید شدند و قطعه مربوط به ژن پروتئین حرکتی در کلونهای مثبت تکثیر شد. از کلونهای مثبت استخراج پلاسمید انجام گرفت و برای برش با آنزیم جهت خارج کردن قطعه و قرار دادن آن در پلاسمید بیان (pET28) آماده شدند. همچنین پلاسمیدهای استخراج شده جهت اطمینان از درج صحیح قطعه تعیین توالی شدند.

نویسندگان

مهسا محمدلو

دانشگاه زنجان، دانشکده کشاورزی، گروه گیاهپزشکی

داود کولیوند

دانشگاه زنجان، دانشکده کشاورزی، گروه گیاهپزشکی

حسین حمیدی بنایم

دانشگاه زنجان، دانشکده کشاورزی، گروه گیاهپزشکی