معرفی، بررسی مکانیسمهای عمل و توصیف ژنومی باکتری پروبیوتیک گیاهی Providencia rettgeri PGU

باکتری Providencia rettgeri یکی از عوامل پروبیوتیک گیاهی است که اخیرا به عنوان یکی از ابزارهای قوی بیوکنترل موردتوجه قرارگرفته است. هدف از این پژوهش معرفی و بررسی برخی از خصوصیات باکتری P. rettgeri PGU است که از ریزوسفر گندم در استان بوشهر جداسازی شده است. در ابتدا اثر بازدارندگی این باکتری به روش کشت متقابل روی دو قارچ بیماریزای گندم شامل Fusarium culmorum عامل پوسیدگی فوزاریومی ریشه گندم و Gaeumannomyces graminis var. tritici عامل پاخوره گندم در شرایط آزمایشگاهی بررسی شد و مشخص گردید که این باکتری موجب بازدارندگی از دو قارچ بیمارگر موردنظر روی انواع محیط کشت گردید. بررسی مکانیسم های آنتاگونیستی و افزایش دهندگی رشد گیاه در این جدایه حاکی از تولید ترکیبات فرار، سیانید هیدروژن، پروتئاز، سیدورفور و اندول استیک اسید و قابلیت انحلال فسفات در شرایط آزمایشگاهی بود. در بررسیهای گلخانه ای این جدایه موجب باعث افزایش شاخصه های رشدی گیاه و کاهش قابلملاحظه شدت بیماری در حضور هر دو بیمارگر قارچی گردید. بهمنظور بررسی و مطالعه مسیرهای ژنتیکی، درک بهتر مکانیسمهای مولکولی و شناسایی ژنهایی که به فعالیت پروبیوتیکی باکتریکمک میکنند توالی یابی کامل ژنوم صورت گرفت. ژنوم کامل باکتریا باستفاده از فناوری ایلومینا (Illumina) تعیین توالی شد؛ سپس در پایگاه RAST مکانهای ژنومی و توالیهای رمزگردان مشخص گردید و در پایگاه NCBI با توالیهای موجود مقایسه شد. نتایج نشان داد که این جدایه با احتمال 100 درصد متعلق به گونه P. rettgeri است. اندازه ژنوم این جدایه 5324902جفت باز و شامل 4445 توالی رمزگردان میباشد. نتایج عملی و ژنومی این تحقیق اثباتی بر معرفی گونه P. rettgeri PGU به عنوان باکتری پروبیوتیک گیاهی با قدرت بازدارندگی بالا علیه عامل برخی بیماریهای قارچی گندم است.