شناسایی استراتژی های حذف ژن با استفاده از یک الگوریتم برای بهینه سازی سویه های میکروبی جهت تولید متابولیت

مقدمه : بازسازی شبکه های سوخت و ساز بدن در مقیاس ژنوم موجودات مختلف در سالهای اخیر مورد توجه قرار گرفته است . مهندسی متابولیک میتواند روند به دست آوردن فنوتیپ مطلوب را شبیه سازی کند .مواد و روشها : این مطالعه الگوریتمی ارایه میدهد که ترکیبی از الگوریتم بهینه سازی ant colony و تجزیه و تحلیل تعادل شار ) ACOFBA ( ، برای پیشبینی مناسبترین مجموعه از ژنهای حذفی برای به حداکثر رساندن سرعت رشد و تولید متابولیتهای خاص را پیشنهاد میکند . در این تحقیق از مخمر ساکارومایسس سرویزیه، به عنوان ارگانیسم مدل استفاده شد و هدف بهینه سازی تولید وانیلین در این مخمر بود . نتایج : نتایج حاصل از این مطالعه افزایش نرخ رشد ارگانیسم مدل را پس از حذف مجموعهای از ژنها نشان داد . الگوریتم ACOFBA در مقایسه با الگوریتمهای قبلی، بهبود میکروارگانیسم از نظر میزان رشد و تولید وانیلین را اثبات نمود . نتیجه گیری : دستیابی به روشهای شبیه سازی سیستم بیولوژیکی سلول میتواند یک روش کارا و از نظر اقتصادی به صرفه برای بررسی شرایط بهینه سازی میکروارگانیسمها برای تولید متابولیتهای سلولی باشد .

کلیدواژه ها:

الگوریتم ژنهای حذفی ، شبیه سازی ، بهینه سازی تولید متابولیت