مقایسه روش های مختلف استخراج RNA در سیب Malus domestica

جداسازی RNA از گیاهانی که دارای مقدار زیادی ترکیبات پلی ساکارید و پلی فنل میباشند به علت اتصال و رسوب این ترکیبات با RNA مشکل است. بنابراین در این مطالعه 11 پروتکل مختلف استخراجRNA از برگهای سیب مورد بررسی قرار گرفت. کیفیت RNA از باندهای 18s,28s rRNA با الکتروفورز ژل آگارز 1،2% بررسی گردید. کمیت و خلوص RNA استخراجی با اسپکتروفتومتری در طول موج 230و260و280 نانومتر و نسبت جذب A230/A280 و 260 A260/A تعیین شد. همچنین برای بررسی کیفیت RNA استخراجی سنتز cDNAوآنالیز RT-PCR با پرایمر اختصاصی ژن اکتین سیب انجام گرفت. نتایج نشان داد که روش استخراج جمی چات چایو و همکاران 2012 و راجاکانی و همکاران 2013 مناسبترین روش های استخراج RNA از سیب بودند. عملکرد RNA کل استخراج شده با روش جمی چات چایو و همکاران 2012 و روش راجاکانی و همکاران 2013 به ترتیب بین 152،4تا800،2 نانوگرم در میکرولیتر و362،1تا452،6 نانوگرم در میکرولیتر بدست آمد. در هر دو روش نسبت 260به280 و230به260 به ترتیب بین 1،99تا2،03 و2،07و2،17 بود که نشان داد RNA خلوص بالایی داشته و فاقد آلودگی پلی فنلی، پروتیینی و پلی ساکاریدی می باشد. باندهای 18Sو28S در الکتروفورز افقی مشاهده شدند. همچنین کیفیت بالای واکنش RT-PCR در هر دو روش نشان میدهد که RNA استخراج شده میتواند با اطمینان جهت آزمایش های مولکولی پایین دستی مورد استفاده قرار گیرد

کلیدواژه ها:

جداسازی RNA ، سیب ، RT-PCR