ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
CIVILICAWe Respect the Science
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
عنوان
مقاله

Whole-Genome Based Molecular Phylogeny of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus for More Accurate Identification of the Virus Origin

تعداد صفحات: 1 | تعداد نمایش خلاصه: 193 | نظرات: 0
سال انتشار: 1396
کد COI مقاله: IBIS07_054
زبان مقاله: انگلیسی
متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

مشخصات نویسندگان مقاله Whole-Genome Based Molecular Phylogeny of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus for More Accurate Identification of the Virus Origin

Sepideh Eisazaei - Dept. of Biology, Faculty of Science, University of Sistan and Baluchestan, Zahedan, Iran
Mohammad Tohidlou - Dept. of Biophysic, Faculty of Biological Science, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
Milad Lagzian - Dept. of Biology, Faculty of Science, University of Sistan and Baluchestan, Zahedan, Iran

چکیده مقاله:

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is one of the deadliest zoonotic viruses with widespread distribution around the world. In Iran, this virus is more prevalent in Sistan and Baluchestan provenance due to a large number of livestock imports and presence of the intermediate host [1]. Therefore, epidemiological studies seem crucial for identification of the virus origin to take countermeasures. However, due to high rate of mutation in the virus genome and also segment reassortment between the viruses, finding of their exact origins proved to be very problematic by a phylogenetic tree constructed on a single gene [2, 3]. In this study, we explore the power of the evolutionary tree constructed on the whole genome of the virus instead of its S-segment for elucidation of relationship among the virus population. Initially, a deep search was accomplished to find all completely sequenced S, M and L segments of the virus based on the isolation country. Subsequently, the complete genome of the virus was constructed by joining appropriate segments together for each country. In the next step, phylogenetic tree construction was conducted by two methods on the whole genomes: K-mer based distance estimation, which is very fast algorithm and does not require sequence multiple alignments or high computational power. The second was RAxML maximum likelihood tree with rapid bootstrapping algorithms (1000 bootstrap) which is relayed on sequence multiple alignments and high calculation power. In order to compare the effectiveness of the method, another RAxML tree was constructed on the complete S-segment of the same virus genomes. The results are interesting and showed the robustness of the whole genome tree for better determination of the virus origin. For example, according to the S-segment tree, the virus first entered to Pakistan and then reached to Afghanistan. Subsequently, it was spread out to Iran and India at a same time which is very unlikely because Afghanistan is only an importer of livestocks. In the other side, whole genome based tree completely gives a different pattern which is more realistic. According to this tree, the virus initially entered to India (a major livestock breeder) then spread to Pakistan and subsequently reach to Iran and Afghanistan, which are major customers of Pakistan s livestocks. In addition, clades in the whole genome tree have significantly higher bootstrap values in compare to S-segment tree. Surprisingly, the tree constructed by K-mer based distance estimation is completely similar to the RAxML whole genome tree. This tree can be drawn in less than 10 minutes in compare to the RAxML tree which takes more than 10 hours to finish in our study.

کلیدواژه ها:

CCHFV; Phylogenetic Tree; RaxML; K-mer; Whole genome

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/712455/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
Eisazaei, Sepideh و Tohidlou, Mohammad و Lagzian, Milad,1396,Whole-Genome Based Molecular Phylogeny of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus for More Accurate Identification of the Virus Origin,هفتمین همایش بیوانفورماتیک ایران,تهران,,,https://civilica.com/doc/712455

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1396, Eisazaei, Sepideh؛ Mohammad Tohidlou و Milad Lagzian)
برای بار دوم به بعد: (1396, Eisazaei؛ Tohidlou و Lagzian)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 9,293
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی