گونه های شدید و خفیف ویروس پیچیدگی برگ گوجه فرنگی مورد هدف miRNA های متفاوتی از میزبان قرار می گیرند

جمینی ویروس ها یکی از مهمترین عوامل محدود کننده کشت گوجه فرنگی در سراسر جهان محسوب میشوند. ویروس پیچیدگی برگ گوجه فرنگیTomato leaf curl virus (ToLCV) یکی از اعضای خانواده جمینی ویریده می باشد که دارای گونه های با بیماریزایی شدید و خفیف است. مشخص شده است که برخی از miRNAهای میزبان قادرند ویروس های حیوانی را هدف قرار داده و مانع از استقرار آنها شوند. تاکنون هیچ گزارشی مبتنی بر روش های آزمایشگاهی، در مورد ویروس های گیاهی ارایه نشده است. با این وجود براساس تحلیل های بیوانفورماتیکی، ویروس های گیاهی نیز می توانند به وسیله miRNAهای میزبان هدف قرار گیرند. در این تحقیق، با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی امکان اتصال miRNAهای های مختلف میزبان به گونه های شدید و خفیف ToLCV بررسی شده است. نتایج نشان داد miR156 امکان اتصال به هر دو گونه ToLCV را دارد. گونه خفیف ویروس، مورد هدف miR396 ،miR168 ،miR157، miR166 قرار می گیرد درحالی که گونه شدید، ToLCV-Au، توسط گروه دیگری از miRNAها شامل miR159 و miR319 و miR403 هدف قرار می گیرد. تمام miRNAها بجز miR156a با نواحی کد کننده ژنوم ویروس ها جفت می شوند. در مورد ویروس ToLCV-Au و miRNA319c به ژن V1 متصل می شود. miR159c و miR403 به ترتیب ژن های C1 و C3 متصل می شوند. ژن C1 گونه ToLCV-Ir، توسط miR157a و miR156h ژن V2 آن نیز در محل های مختلف مورد هدف miRNAها شامل miR168b و miR396b و miR166i قرار می گیرد. نقش احتمالی miRNAهای به دست آمده در تولید علایم شدید و خفیف توسط هر دو گونه بحث شده است.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، ToLCV ، miRNA ، RNA hybrid ، گوجه فرنگی