طراحی آنالوگ های پپتید ضد میکروبی CM11 مبتنی بر تغییر توالی در پایگاه های بیوانفورماتیک

سابقه و هدف: CM11 هیبرید کوتاهی از دو پپتید ضد میکروبی سکروپین و ملیتین با توالی 11 اسیدآمینه ای (WKLFKKILKVL-NH2) است. مطالعات قبلی اثربخشی پپتید CM11 را بر پاتوژن های گرم مثبت و منفی و گیاهان نشان داده است. هدف این مطالعه بررسی آنالوگ های این پپتید با کمک اطلاعات بیوانفورماتیک و انتخاب مناسب ترین آن ها برای بررسی های In vitro است. مواد و روش ها: با کمک مطالعات بیوانفورماتیک به بررسی آنالوگ ها بر پایه تغییر توالی پپتیدی به صورت تغییر اسیدآمینه لیزین به آرژنین و لوسین به تریپتوفان به طور مجزا پرداختیم و با استفاده از بررسی خواصی نظیر میزان آب گریزی، میزان همولیز، ناپایداری پپتید، شاخص بومان و مدل چرخ هلیکس؛ مناسب ترین آنالوگ ها را برای بررسی های بیشتر به جهت درمان ضد میکروبی پاتوژن های روده ای در شرایط آزمایشگاه انتخاب نمودیم. یافته ها: در پپتیدهای آنالوگ با افزایش تعداد اسیدآمینه آرژنین (R) به جای لیزین (K) میزان ناپایداری پپتید افزایش یافت و همولیز نیز ظاهرا افزایش نشان می دهد درحالی که با افزایش تعداد اسیدآمینه تریپتوفان (W) به جای لوسین (L) پایداری بهبودیافته و میزان همولیز کاهش می یابد.

کلیدواژه ها:

پپتید ضد میکروبی ، CM11 ، داده های بیوانفورماتیک ، آنالوگ