پیدا کردن موتیف در نواحی بالادست ژن های هم بیان بر اساس الگوریتم بهینه سازی فاخته و سرمایش تدریجی

سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 420

فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_TJEE-46-3_028

تاریخ نمایه سازی: 10 تیر 1396

چکیده مقاله:

در این مقاله برای حل مسیله کشف موتیف یک روش ترکیبی جدید بر اساس الگوریتم بهینه سازی فاخته، روش سرمایش تدریجی وبیشینه سازی زمان انتظار بهنام SA-COAMF ارایه می شود. این روش ترکیبی در همگرایی بهینه سراسری بسیار کارآمد است. یکی دیگر از ویژگی های شاخص این الگوریتم، بهره بردن از هر دو مدل نمایش موتیف (توالی اجماع و ماتریس احتمالاتی) است. عملکردالگوریتم پیشنهادی بر روی یک مجموعه از داده های زیستی (پایگاه داده SCPD) تست شده و با تعدادی از الگوریتم های معروف کشف موتیف. (PSO+GA-DPAF و MEME) مقایسه می گردد. نتایج به دست آمده نشان دهنده توانایی بالای الگوریتم پیشنهادی است.

کلیدواژه ها:

الگوریتم بهینه سازی فاخته ، سرمایش تدریجی ، ژن های همبیان ، کشف موتیف ، ماکزیمم سازی زمان انتظار

نویسندگان

مهری ملالو

کارشناسی ارشد، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر - دانشگاه صنعتی امیرکبیر - تهران - ایران

فاطمه زارع میرک آباد

عضو هیات علمی، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر - دانشگاه صنعتی امیرکبیر - تهران - ایران