کاوشگر بتا: روشی مبتنی بر احتمالات برای پیشبینی آرایش صفحاتبتای پروتیین با استفاده از برنامهریزی صحیح

سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 569

فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

DCBDP01_026

تاریخ نمایه سازی: 19 خرداد 1396

چکیده مقاله:

پیشبینی ساختار صفحات بتای پروتیین یکی از مهمترین مسایل حلنشده در بیولوژی مولکولی است. چالشهای موجود در این مسیله، دقت پایین پیش بینی های انجام شده در روشهای پیشین و پیچیدگی بالای محاسباتی است. در این مقاله روشی مبتنی بر احتمالات رخداد آرایشهای گوناگون صفحات بتا برای پیش بینی آرایش صفحات در پروتیین هدف ارایه شده است. هدف از انجام این پژوهش دقت تعیین برهمکنش بین رشته ها و نقشه تماس صفحات بتا می باشد در ابتدا همترازی بهینه بین هر جفت رشته بتا با یک روش مبتنی بر برنامه ریزی پویا با دقت بالا تعیین می شود سپس برای کاهش فضای جستجو در راستای به دست آوردن بیشینه امتیاز برهمکنش دو به دوی رشته ها از برنامه ریزی صحیح بهره گرفته می شود در نهایت آرایش صفحات براساس احتمالات رخداد آرایشهای گوناگون تعیین می شود نتایج به دست آمده براساس معیارهای بازیابی اطلاعات نشان دهنده بهبود روش پیشنهادی نسبت به روشهای پیشین است.

کلیدواژه ها:

پیش بینی آرایش صفحه بتا ، همترازی جفت رشته بتا ، برنامهریزی پویا ، برنامهریزی صحیح

نویسندگان

مهدیه اقدامی

گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه فردوسی مشهد،

محمود نقیب زاده

گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه فردوسی مشهد

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Jeong J., Berman P., Przytycka T. M., Improving strand pairing ...
  • _ _ _ iostat.j hsph _ e du/ _ [2] ...
  • Zaremba S. M., CGregoret L. M., Con text- Dependence of ...
  • Ruczinski I., Kooperberg C., Bonneau R., Baker D., Distributions of ...
  • Kuhlman B., Dantas G., Ireton G., Varani G., Stoddard B., ...
  • Merkel J. S., Regan L, Modulating Protein Folding Rates In ...
  • Mandel -Gutfreund Y, Zaremba S. M., Gregoret L. M., Contributions ...
  • _ _ _ _ simulated evolution, Bioinformatics (Oxford, England), vol. ...
  • _ _ _ _ with simulated evolution improves remote homology ...
  • _ _ _ MRFy: Remote Homology Detection for Beta-Structurl Proteins ...
  • Hubbard T. J. P., Use of beta-strand interaction pseudo- ...
  • vol. 5, pp. 336-344, 1994. ...
  • Steward R. E., Thornton J. M., Prediction of strand [14] ...
  • Savojardo C., Fariselli P., Martelli P. L, Casadio R, BCov: ...
  • Lippi M., Frasconi P., Prediction of protein B-residue contacts by ...
  • _ _ _ _ for beta and alpha -beta proteins ...
  • Structure, Function, and Bioinformatics, Vol.78 No. 8, Pages 1825-1846, 2010. ...
  • Jones D. T., Buchan D. W. A., Cozzetto D., Pontil ...
  • نمایش کامل مراجع