بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع به روش خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 46، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-46-3_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 523
نویسندگان
دانشجوی دکتری ژنتیک واصلاح نژاد
استادگروه مهندسی علوم دامی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
استادیار گروه مهندسی علوم دامی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
چکیده
رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه ها به ویژه با استفاده از توالی یابی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی ) SNP ( سبب تحول در تجزیه وتحلیل دقیق ساختار جوامع درگونه های مختلف شده است. تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفادهاز نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده کاوی است،برای بررسی ساختار جوامع شبیه سازی شده و کشف خرده جوامع موجود استفاده شد. هدف ازبه کاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچ گونه آگاهی از اطلاعات شجره ایافراد بود. در شبیه سازی انجام گرفته بدین منظور پس از ویرایش داده ها، 29299 نشانگر اتوزومیاز 159 دام، تجزیه وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهت ها و تفاوت هابه خوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خرده جوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند.مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرض های پیشین در آن است؛بنابراین به محقق این امکان را می دهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه وتحلیل کند.کلیدواژه ها
چندشکلی های تک نوکلیوتیدی، خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت، داده کاوی، ساختار جمعیتیمقالات مرتبط جدید
- دانش بوم شناختی سنتی گالش های مازندران در ارتباط با حفاظت از درختان و درختچه -های جنگل های هیرکانی (مطالعه موردی منطقه لفور)
- بررسی اثر ضدباکتریایی دو محصول اسیدیفایر داخلی و خارجی بر روی برخی باکتریهای بیماریزای طیور
- تعیین غلظت عناصر معدنی پرنیاز و کم نیاز در مایع شکمبه ریز کپسوله شده با هیدروکلوئیدهای آلژینات سدیم و کیتوزان
- بررسی امکان کاربرد میکروگانیسم های پروبیوتیک در جیره غذایی به منظور افزایش راندمان تولید در کارگاه های تکثیر و پرورش ماهیان زینتی
- بررسی اثر ضدویروسی عصاره متانولی سرخارگل در کنترل ویروسVZV
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.