بررسی و پیاده سازی موازی انطباق چندگانه توالیها با استفاده از واحد پردازش گرافیک (GPU)
سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 900
فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
CBCONF01_0821
تاریخ نمایه سازی: 16 شهریور 1395
چکیده مقاله:
انطباق چندگانه ی توالی ها در بیوانفورماتیک یک عمل اساسی و ضروری است. برای پیشگویی ساختار دوم و سومپروتئین ها لازم است که ابتدا عمل انطباق چندگانه انجام شود. از آنجا که تعداد توالی های زیستی بسیار زیاد است، ازراهکارهای متعارف نمی توان در مدت زمان قابل قبول نتیجه ی دلخواه را به دست آورد. بدین منظور الگوریتم هایی که جهتانطباق مورد بررسی قرار می گیرند، به صورت موازی پیاده سازی شده اند. در میان روش های مختلف موازی سازی، استفاده ازسخت افزار واحد پردازش گرافیک به علت ارزان بودن، کانون توجهات قرار گرفته است. یکی از بهترین الگوریتم های فراابتکاری که برای انطباق چندگانه به کار می رود، الگوریتم T-Coffee است. این الگوریتم علیرغم دقت محاسباتی بالا،پیچیدگی زمانی بالایی نیز دارد. برای بهبود پیچیدگی زمانی این الگوریتم، از الگوریتم G-MSA استفاده می شود. در اینالگوریتم، الگوریتم T-Coffee ، با استفاده از GPU به صورت موازی پیاده سازی می گردد و نتایج به صورت قابل توجهیبهبود می یابد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سیدابوالفضل شاهزاده فاضلی
دانشگاه یزد، دانشکده ریاضی، گروه علوم کامپیوتر، آزمایشگاه پردازش موازی
سمیرا رحیمی
دانشگاه یزد، دانشکده ریاضی، گروه علوم کامپیوتر، آزمایشگاه پردازش موازی
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :