Short Co-occurring Polypeptide Regions Can Predict Global Protein Interaction maps.
سال انتشار: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 482
فایل این مقاله در 5 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
NBCI08_0210
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394
چکیده مقاله:
A goal of the post-genomics era has been to elucidate a detailed global map of protein-protein interactions (PPIs) within a cell. Here, we show that the presence of co-occurring short polypeptide sequences between interacting protein partners appears to be conserved across different organisms. We present an algorithm to automatically generate PPI prediction method parameters for various organisms and illustrate that global PPIs can be predicted from previously reported PPIs within the same or a different organism using protein primary sequences. The PPI prediction code is further accelerated through the use of parallel multi-core programming, which improves its usability for large scale or proteome-wide PPI prediction. We predict and analyze hundreds of novel human PPIs, experimentally confirm protein functions and importantly predict the first genome-wide PPI maps for Saccharomyces pombe (9000 PPIs) and Caenorhabditis elegans (37500 PPIs).
نویسندگان
Bahram Samanfar
Department of Biology, Carleton University, Ottawa, Canada
Sylvain Pitre
School of Computer Science, Carleton University, Ottawa, Canada.
Mohsen Hooshyar
Department of Biology, Carleton University, Ottawa, Canada
Katayoun Omidi
Department of Biology, Carleton University, Ottawa, Canada
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :