پیشبینی بیوانفورماتیکی ویژگی های ساختارهای دوم و سوم پروتئین بیوفیلم Acinetobacter baumannii
محل انتشار: هفتمین همایش بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران
سال انتشار: 1390
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 569
فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
NBCI07_0093
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394
چکیده مقاله:
ءAcinetobacter baumannii یک پاتوژن فرصت طلب مهم است که بهعنوان عامل تعداد زیادی از عفونت های بیمارستانی شناخته می شود. تمایل گونه های بیمارستانی به تولید بیوفیلم و ارتباط بیوفیلم با عفونتزایی و مقاومت این باکتری به طیف وسیعی از آنتی بیوتیک ها، به خوبی شناخته شده است. مطالعه ی حاضر، به منظور بررسی ساخختار و عملکرد یک پروتئین سطحی دخیل در تولید بیوفیلم، با استفاده از ابزار بیوانفورماتیک، طراحی شده است. بیوفیلم پروتئین (Bap) A. baumannii دارای یک هسته ی متشکل از تکرارهای متوالی از هفت الگوی مختلف است. توالی های مرتبط، از بانک های اطلاعاتی موجود استخراج شده و با توالی Bap هم ردیف شدند. فایل های هم ردیفی برای ساخت درخت های فیلوژنتیک به کار گرفته شدند. بسیاری از مشخصات این پروتئین با نرم افزارهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. حفظ شده ترین قسمت ها و نیز دومین های هومولوگ با بالاترین امتیاز در همین هسته ی تکراری خصوصاً C ، B ، A و D یافت می شوند در این مطالعه محل قرار گیری پروتئین در خارج سلول و وجود سیگنال هدف سیستم ترشحی نوع اول در انتهای کربوکسیل پروتئین پیش بینی شد. همچنین ساختارهای دوم و سوم پروتئین پیش بینی شد و با استناد به همولوژی نواحی مختلف پروتئین با دومین های شناخته شده ویژگی های خاصی برای این نواحی پیش بینی شد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
محمدرضا رهبر
دانشگاه شاهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی
دکترایرج رسولی
دانشگاه شاهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی
دکترسیدلطیف موسوی گرگری
دانشگاه شاهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی
یاسر فتاحیان کمسرخی
دانشگاه شاهد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :