استنباط هاپلوتایپها از دادههای ژنوتایپ بر مبنای رویکرد پارسیمونی با استفاده از الگوریتم جستجوی هارمونی و گیپس سمپلینگ

سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 811

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS13_1163

تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393

چکیده مقاله:

دادههای هاپلوتایپ نقش بسزایی در مطالعات ژنتیکی از جمله بیماریهای پیچیده ژنی و مطالعات تکاملی ایفا میکند. از آنجایی که برخلاف ژنوتایپها، تعیین هاپلوتایپها از طریق آزمایشگاهی هزینهبر و زمانبر میباشد، توجه زیادی به استنباط هاپلوتایپها از طریق دادههای ژنوتایپ با استفاده از روشهای محاسباتی شدهاست. برخی از الگوریتم های ارائه شده برای حل این مسئله براساس قانون پارسیمونیاست. این قانون بیان میکند که تعداد هاپلوتایپهای متمایز در طبیعت بسیار کمتر از تعداد ژنوتایپهای متمایز است بنابراین از میان مجموعه هاپلوتایپهای ممکن، مجموعهای بهینهتر است که دارای کمترین کاردینالیتی باشد. مسئله استنباط هاپلوتایپها بر اساس بیشترین پارسیمونی NP- سخت است که به موجب آن، الگوریتمهای قطعی بر پایه پارسیمونی، محدود به یافتن جواب بر روی مجموعههای کوچک میشوند. در این مقاله، ما یک روش ابتکاری با استفاده از الگوریتم جستجوی هارمونی توسعه داده شده با گیپس سمپلینگ 2 ارائه کردهایم. کارایی این روش بر روی مجموعه ژنوتایپهای مختلفی تست شدهاست. آزمایشها نشان میدهد که این روش نسبت به الگوریتمهای موجود، جوابهایی با بیشترین پارسیمونی را بدست میآورد.

نویسندگان

شیوا شکیباپور

دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران

فاطمه زارع میرک آباد

دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران

مهسا ترکمان

دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • : Clark, A.G. (1990). "Inference of haplotypes from PCR-amplified samples ...
  • : Tininini, L., Bertolazzi, P., Godi, A., Lancia, G., (2010). ...
  • : Kang, S.L., Zong, W.G., (2005). _ new meta-heuristc algorithm ...
  • : Ramadhani, S., Mousavi, S.R., Talebi, M., (2012). _ improved ...
  • نمایش کامل مراجع