تعیین توالی ژنوم کامل و جایگاه تاکسونومیکی جدایهی جوین (خراسان) ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقند

سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 505

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS13_0671

تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393

چکیده مقاله:

به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایههای ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقندBeet curly top Iran virus, BCTIV)در استان خراسان، نمونهبرداری از مزارع کشت چغندرقند این استان انجام شد. دیانای کل از نمونههای جمعآوری شده استخراج گردید و بااستفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی در واکنش زنجیرهای پلیمراز، ژنوم کامل جدایهی شهرستان جوین استان خراسان تکثیر و سپستعیین توالی شد. به منظور همردیفسازی قطعات تعیین توالی شده، بررسی میزان تشابه و تفاوت ژنوم تعیین توالی شده با دیگر گونههای دو جنسBecurtovirus و Curtovirusو رسم درخت فیلوژنتیکی برای این جدایهها به ترتیب از نرمافزارهایMegAlign ،ClustalXوMega5استفاده شد. مقایسهی توالیهای به دست آمده با اطلاعات موجود در پایگاههای اطلاعاتی و همچنین آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که ژنوم کامل مربوط به جدایهی شهرستان جوین با دارا بودن 2856 جفت باز و 11 تا 12 نوکلئوتید اضافی نسبت به جدایه تیپBCTIVبیشترین شباهت90/9درصد) را به جدایهی شیرازBCTIV و کمترین شباهت90/6 درصد) را به جدایهی کوارBCTIV دارد اما در مقایسه با گونههای جنسCurtovirusبیشترین شباهت را بهHorseradish curly top virusو کمترین شباهت را بهBeet curly top virus دارا بود. در درخت فیلوژنتیکی مربوط به این ویروسها، جدایهی جوین خراسان از تمام جدایههای گزارش شدهBCTIVجدا شده و نزدیک بهSpinach curly top Arizona virusقرار گرفت. با توجه به معیار تعیین آرایههای طبقهبندی در تیرهیGeminiviridaeجدایه ی به دست آمده به عنوان استرین جدیدی از ویروسBCTIRVدر ایران گزارش میشود.میزان بالای تنوع ژنتیکی مشاهده شده در این گونه میتواند نشاندهندهی تمایل زیاد این ویروسها به سمت گونهزایی باشد

کلیدواژه ها:

جمینیویروس ، ژنوم ویروس ، ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقند

نویسندگان

آمنه عنابستانی

مرکز تحقیقات ویروسشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

سیدعلی اکبر بهجت نیا

مرکز تحقیقات ویروسشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

کرامت اله ایزدپناه

مرکز تحقیقات ویروسشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

سعید تابعین

مرکز تحقیقات ویروسشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران