مقایسه کارآیی موتیف های حفاظت شده جایگاه nrDNA-ETS در فیلوژنتیک گونه های گیاهی

ارزش تاکسونومیکی ناحیهETS (External Transcribed Spacer)در مطالعات فیلوژنی مختلف اثبات گردیده است.اولین محدودیت در تعیین توالی جایگاهETSدر گیاهان فقدان ناحیه حفاظت شده در بالادست انتهای’ 5 جایگاه مذکور میباشد. درمطالعات اخیر برای تکثیر طول کامل این ناحیه یک پرایمر بر روی آخرین تکرار از تکرارهای 80 نوکلئوتیدی در ناحیهNTSطراحی شده است. در اکثر مطالعات بخش کوچکی از انتهای’ 5 و حدود 300 الی 500 باز از انتهای’ 3 را در آنالیزها دخیل میکنند، زیرا بدلیل تنوع بالای بازهای میانی دقت ارزیابی در گونههای دور کمتر خواهد بود. مشکل عمده در تکثیر این جایگاه امکان اتصال پرایمر رفت بر روی نواحی تکراریNTSمیباشد که بیش از یک باند مشخص ایجاد کرده و خالص سازی و توالییابی بعدی را مشکل میکند. در تحقیق حاضر جهت غلبه بر این مشکل از یک پرایمر رفت واقع در ناحیه میانیETSبرای تکثیر 34 گونه از تیرهAsteraceaeاستفاده گردیدکه تکثیر همه نمونهها بصورت تک باند بود. آنالیز نتایج توالییابی با روشهای Maximum Likelihood ،Maximum Parsimony ,Bayesian Inferenceو مقایسه نتایج با دادههای حاصل از آنالیز مجموع نواحی ‘ 5 و ‘ 3 نشان داد که عدم گنجاندن بخش کوچک انتهای’ 5 در آنالیز فیلوژنی تاثیر معنیداری در توپولوژی درختها ندارد. نتایج نشان داد که نحوه قرارگیری زیرجنسها نسبت به همدیگر و همچنین ارتباط فیلوژنی گونهها در درون زیرجنسها کاملا شبیه مجموع نواحی ‘ 5 و ‘ 3 میباشد. بنابراین میتوان پیشنهاد داد که استفاده از این پرایمر داخلیتر برای تکثیر انتهای’ 3 جهت آنالیزهای فیلوژنی براحتی امکانپذیر است

کلیدواژه ها:

فیلوژنتیک ، Asteraceae ، ETS