اختصاصی کردن ماتریس امتیاز PAM : بررسی ماتریس مربوط به پروتئینهای سایتوکرمC
محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,892
نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
IBIS04_142
تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393
چکیده مقاله:
تعیین فانکشن یک پروتئین ناشناخته و بر هم کنش دو یا چند پروتئین، بر اساس تعیین همولوژی است و هم ترازی توال یها نیز اساس تعیین همولوژیمی باشد. هم ترازی یک الگوریتم، چند مرحله ای است که در آن توالی های هم تراز شده با استفاده از ماتری سهای امتیاز مختلف از قبیل PAM، امتیاز دادهمی شوند. انتخاب ماتریس امتیاز در این فرآیند بستگی به فاصله تکاملی توالی ناشناخته با توالیهای شناسایی شده دارد. ماتریس PAM یک ماتریس عمومیاست که برای امتیازدهی به انواع توالی های هم تراز شده به صورت موضعی و یا کلی استفاده میشود. در این مطالعه نشان داه شده است که ماتریس هایPAM که برای یک خانواده پروتئینی خاص بدست آمده اند، همولوژی بین دو یا چند توالی را دقیقتر از ماتریس های PAM عمومی تعیین م یکنن د. بهعبارت دیگر، ماتریس PAM اختصاصی فاصله تکاملی بین توالی ها را برجسته تر می کند. در این مطالعه ماتریس PAM مخصوص خانواده سایتوکرمC ، براساس اصلاحات انجام شده روی روش دیهوف و جونز برای محاسبه ماتریس های PAM عمومی، محاسبه شده است. به منظور ارزیابی درستی نتایج بدستآمده توسط ماتریس امتیاز اختصاصی، تعدادی از توالیهای پروتئین سایتوکرم C که به صورت تجربی تایید شده اند از پایگاه uniprot انتخاب شده و فانکشنآنها از طریق هم ترازی توالیها و سپس تعیین تشابه با استفاده از ماتریس های PAM اختصاصی ،PAM دیهوف وPET91 (ماتریسPAM محاسبه شدهتوسط جونز و همکاران،1992) مشخص می شود. نتایج نشان می دهد که تعداد فانکشن های صحیح که با استفاده از ماتریس PAM اختصاصی بدست آمدهبیشتر از تعدادی است که توسط ماتریس های دیهوف و PET91 بدست آمده اند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
آتوسا قهرمانی
دانشگاه فردوسی مشهد دانشکده مهندسی گروه مهندسی شیمی
محمود اخوان مهدوی
دانشگاه فردوسی مشهد دانشکده مهندسی گروه مهندسی شیمی