یک الگوریتم مکاشفهای برای حل مسئله ی معکوس تاشدگی ساختار RNA

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 648

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IBIS04_005

تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393

چکیده مقاله:

عملکرد مولکول RNA اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یکRNA که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم RNA داده شده، هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی که برای حل این مسئله در پیش گرفته شد بدینصورت است که ابتدا مولفه های تشکیل دهنده ساختار دوم هدف را بدست آورده و برای هر کدام از این مولفه ها رشته نوکلئوتیدی بهینه را با استفاده از یک الگوریتم مکاشفه ای محاسبه میشود، سپس رشته های نوکلئوتیدی این عناصر با هم ادغام میشوند تا رشته نوکلئوتیدی متناظر با ساختار هدف بدست بیاید. با توجه به زمان بر بودن الگوریتم های تاشدگی، مزیت این رویکرد نسبتبه رویکردهای موجود در این است که استفاده از این گونه الگوریتم ها را به حداقل رسانده و انتظار می رود نتایج بهتری نسبت به رویکردهای موجود ارائه شود

نویسندگان

محمد گنج تابش

گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، دانشگاه تهران، تهران، ایران.

سیده مارال ضیایی

گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

سید شهریار عرب

گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران