آنالیز شبکه هم بیانی ژن های رمز گذار پروتئین های تراغشایی و آران اهای بلند غیررمزشونده گیاه هالوفیت Suaeda salsa با هدف توسعه کشاورزی شورزیست و امنیت غذایی

تنش شوری یکی از مهم ترین عوامل محدودکننده تولید محصولات کشاورزی در اراضی شور است. با وجود نقش شناخته شده پروتئین های تراغشایی در حفظ هموستازی یونی، الگوهای هم بیانی آن ها با آران اهای بلند غیررمزشونده در گیاهان هالوفیت هنوز به خوبی شناخته نشده است. در این پژوهش، شبکه هم بیانی ژن های کدگذار پروتئین های تراغشایی و آران اهای بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی در Suaeda salsa با استفاده از داده های RNA-Seq بررسی شد. از میان ۴۱۴۸ ژن دارای بیان تفاضلی، ۴۵۴ ژن رمزگذار پروتئین های تراغشایی شناسایی و ۱۵۷۵ تعامل هم بیانی معنی دار میان این ژن ها و ۳۴۸ آران ا بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی شناسایی شد. بر اساس تعداد تعامل ها، ۲۰۸ ژن برای آنوتیشن عملکردی انتخاب شدند. این ژن ها عمدتا در گروه های انتقال دهنده ها و کانال های یونی، گیرنده ها و پروتئین کینازهای غشایی، مسیرهای پیام رسانی، فسفریلاسیون و متابولیسم غشا قرار داشتند. همچنین، فراوانی بالای ناقل های چندگذر و گیرنده های تک گذر، اهمیت پروتئین های مرتبط با ادراک تنش، انتقال پیام و حفظ هموستازی یونی را نشان داد. نتایج این پژوهش مجموعه ای از ژن ها و آران اهای بلند غیررمزشونده کاندید را برای مطالعات عملکردی آینده معرفی می کند و می تواند مبنایی برای شناسایی اهداف مولکولی در برنامه های به نژادی گیاهی و توسعه کشاورزی شورزیست باشد.

کلیدواژه ها:

Gene expression ، Transmemebrane protein ، Salinity stress ، RNA-Seq ، بیان ژن ، تنش شوری ، پروتئین تراغشایی ، توالی یابی آران ا