واکسن شناسی معکوس یکپارچه و تحلیل ترنسکریپتومیک برای شناسایی کاندیداهای واکسنی حفاظت شده علیه Escherichia coli O۱۵۷:H۷

باکتری Escherichia coli O۱۵۷:H۷ یکی از مهم ترین پاتوژن های منتقله از غذا و آب است که به عنوان زیرگروهی از اشیرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC) شناخته می شود و عامل بروز بیماری هایی نظیر کولیت هموراژیک، اسهال خونی و سندروم اورمیک همولیتیک (HUS) می باشد. شیوع گسترده این باکتری، دوز عفونی پایین، قدرت بیماری زایی بالا و محدودیت استفاده از آنتی بیوتیک ها، ضرورت توسعه راهکارهای پیشگیرانه موثر به ویژه واکسن های نوین را افزایش داده است.هدف از این پژوهش، شناسایی کاندیداهای واکسنی حفاظت شده علیه E. coli O۱۵۷:H۷ با استفاده از رویکرد واکسن شناسی معکوس یکپارچه و تحلیل ترنسکریپتومیک است. در این مطالعه، پروتئین های سطحی و خارج سلولی باکتری از پایگاه های داده ژنومی و پروتئومی استخراج و بر اساس موقعیت زیرسلولی، طول توالی، حفاظت توالی، آنتی ژنیسیته، بیماری زایی، نواحی گذرنده از غشا و محلولیت غربالگری شدند. همزمان، داده های RNA-Seq برای ارزیابی سطح بیان ژن و تحلیل بیان افتراقی مورد استفاده قرار گرفت. یافته های دو مسیر غربالگری تلفیق گردید.نتایج نشان داد که از میان پروتئوم سویه Sakai، پس از اعمال معیارهای متوالی غربالگری، LptD و BamA به عنوان آنتی ژن های مشترک دو مسیر شناسایی شدند. با در نظر گرفتن دانش زیستی پیشین درباره نقش پروتئین ها در بیماری زایی، پروتئین Tir نیز به فهرست نهایی افزوده شد. این سه پروتئین به عنوان کاندیداهای واکسنی منتخب برای مطالعات بعدی معرفی گردیدند.تلفیق واکسن شناسی معکوس، حفاظت توالی و داده های بیان ژن، رویکردی کارآمد برای اولویت بندی کاندیداهای واکسنی حفاظت شده فراهم می کند و می تواند مبنای طراحی واکسن های نسل جدید علیه این پاتوژن قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

E. coli O۱۵۷:H۷ ، واکسن شناسی معکوس ، تحلیل ترنسکریپتومیک ، RNA-Seq ، LptD ، BamA ، Tir ، آنتی ژن واکسنی.