ارزیابی بیوانفورماتیکی ارتباط بین ژن LncRNA Linc۰۰۱۶۲ با تغییرات بیان ژن های درگیر در مسیر سیگنالی P I۳K/AKT/mTOR در بیماران مبتلابه سرطان معده

مقدمه: سرطان معده یکی از شایع ترین بدخیمی های دستگاه گوارش است که با مرگ ومیر قابل توجهی همراه است. شواهد اخیر نشان می دهد که lncRNAها، به عنوان تنظیم کننده های مهم بیان ژن، در پیشرفت سرطان نقش کلیدی ایفا می کنند. در این مطالعه، نقش lncRNA PICSAR (LINC۰۰۱۶۲) در تنظیم بیان ژن های مسیر سیگنالینگ PI۳K/AKT/mTOR در سرطان معده بررسی شد. روش کار: داده های بیان ژن از پایگاه TCGA و مجموعه داده های مرتبط با سرطان معده استخراج شد. ژن های با بیان متفاوت (DEGs) با استفاده از بسته هایDESeq۲  و edgeR در محیط نرم افزاری R شناسایی شدند. به منظور تعیین ژن های مشترک بین DEGs و ژن های هم بیان شده با PICSAR، تحلیل ون (Venn analysis) صورت گرفت. در ادامه، تحلیل بررسی عملکردی مسیرها با بهره گیری از ابزار آنلاین Enrichr و پایگاه داده KEGG انجام شد و مسیرهای معنادار براساس ۰۵/۰P< تعدیل شده شناسایی شدند. یافته ها: از میان ۴۶۴۰ ژن با بیان متفاوت و ۹۸۸ ژن هم بیان شده با PICSAR، تعداد ۱۶۳ ژن مشترک شناسایی شدند. تحلیل غنی سازی مسیر نشان داد که ژن های هم پوشان در مسیرهای متعددی، ازجمله سیگنالینگ PI۳K/AKT/mTOR، تعامل ECM-گیرنده و هدایت آکسونی، متمرکز شده اند. همچنین، ده ژن کلیدی، شامل MMP۷، KRT۷، WNT۱۰A،SEMA۷A  و PMEPA۱، بیشترین هم بستگی را باPICSAR  و بیشترین تغییر بیان را در بیماران مبتلابه سرطان معده نشان دادند. نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان می دهد که lncRNA PICSAR با تنظیم ژن های کلیدی در مسیر PI۳K/AKT/mTOR و دیگر مسیرهای مرتبط با سرطان، نقش مهمی در پیشرفت سرطان معده ایفا می کند. این یافته ها بیانگر پتانسیل زیادPICSAR  به عنوان نشانگر زیستی و هدف درمانی در مدیریت سرطان معده هستند.

کلیدواژه ها:

Gastric Cancer ، Linc۰۰۱۶۲ ، LncRNA ، PI۳K/AKT/mTOR ، LncRNA ، سرطان معده ، Linc۰۰۱۶۲ ، PI۳K/AKT/mTOR