شناسایی مولکولی دقیق و سریع نماتد Tylenchulus semipenetrans در خاک

با توجه به سهم زیاد تولیدات گیاهی در تامین زنجیره غذایی کل جهان و هم چنین بالا رفتن نرخ جمعیت کره زمین و افزایش نیاز غذایی، ضرورت کنترل عوامل آسیب رساننده به تولیدات گیاهی که از همه مهم تر نماتود های انگلی گیاهان هستند، بیش تر از پیش آشکار می شود. ابتدا جمع آوری ۳۱ نمونه خاک درختان مرکبات شهر دزفول در استان خوزستان از عمق ۲۵ سانتی متری تحت شرایط خاص انجام شد و پس از استخراج ژنوم نمونه خاک ها و طراحی دو جفت آغازگر تخصصی گونه مربوط به قطعه ژنی s۱۸ نماتود Tylenchulus semipenetrans با استفاده از نرم افزار SnapGene ۳,۲,۱، تکثیر ژنوم هریک از نمونه ها با تکنیک PCR انجام گردید. در بین نمونه خاک های مرکبات، یک نمونه فاقد آلودگی و ۳۰ نمونه خاک آلوده به نماتود T. semipenetrans بودند. جهت سنجش میزان آلودگی، برای هر جفت آغازگر در هر نمونه سه تکرار واکنش زنجیر ه ای پلی مراز انجام گردید. پس از انجام واکنش، فرآورده های PCR بر روی ژل آگارز ۱درصد الکتروفورز و بر حسب وجود یا عدم باند تکثیر شده قطعه های ژنی موردنظر، امتیاز یک و صفر در نرم افزار اکسل وارد و شباهت و درجه آلودگی هر یک از خاک ها بررسی شد. دو قطعه ژنی تکثیر شده پس از توالی یابی با کدهای MK۲۲۶۱۸۹ و MK۲۲۶۱۹۰ در پایگاه داده GenBank ثبت گردیدند.

کلیدواژه ها:

semipenetrans ، s۱۸ ، آغازگرهای اختصاصی ، نماتود مرکبات.