تفاوت های سطح یادگیری معمول، دانش آموزانی دارای معلولیت های جسمی-حرکتی، اختلالات یادگیری، اوتیسم یا کم توانی ذهنی نیز در این کلاس حضور دارند

مدیریت این نوع کلاس ها، فراتر از نظم دهی انضباطی است و نیازمند مهارت های تخصصی در «مدیریت یادگیری» است. معلم در چنین فضایی، دیگر تنها یک انتقال دهنده دانش نیست، بلکه طراح صحنه آموزشی، تسهیل گر، و ناظر بر فرآیندهای یادگیری متفاوت است. طبق نظریه های نوین مدیریت کلاس، مدیریت موفق زمانی حاصل می شود که ساختار کلاس به گونه ای طراحی شود که استقلال دانش آموزان را تقویت کند و وابستگی آن ها به معلم را به حداقل برساند (جانسون و جانسون، ۲۰۱۹). در حضور دانش آموزان با نیازهای ویژه، این نیاز به ساختاردهی مجدد کلاس بیش از پیش احساس می شود. برای مثال، دانش آموزی با اختلال نقص توجه و بیش فعالی‎ (ADHD) ‎ممکن است نیاز به نظارت مستمر داشته باشد، در حالی که دانش آموز تیزهوش نیاز به چالش های فکری عمیق تر دارد. مدیریت همزمان این نیازهای متضاد، نیازمند هوش هیجانی بالا و دانش پداگوژیک گسترده از سوی معلم است (کاظمی، ۱۴۰۱)‎.‎