در کنار مزایای یادشده، فناوری آموزشی چالش هایی نیز به همراه دارد که نیازمند مدیریت مناسب است

از نظر انگیزشی، فناوری های آموزشی می توانند باعث افزایش انگیزه و علاقه دانش آموزان به یادگیری شوند. استفاده از بازی های آموزشی، ویدیوهای تعاملی و ابزارهای چندرسانه ای به دانش آموزان این امکان را می دهد که یادگیری را به شکل سرگرم کننده تری تجربه کنند. برای مثال، بازی های آموزشی به دانش آموزان این امکان را می دهند که در محیطی سرگرم کننده به یادگیری بپردازند و درگیر فعالیت های تعاملی شوند. این رویکرد به ویژه برای کودکان و نوجوانانی که علاقه مند به بازی ها و فعالیت های غیرسنتی هستند، بسیار موثر است و باعث افزایش مشارکت آن ها در یادگیری می شود. در کنار مزایای یادشده، فناوری آموزشی چالش هایی نیز به همراه دارد که نیازمند مدیریت مناسب است. یکی از این چالش ها، مشکلات وابستگی بیش از حد به فناوری و کاهش مهارت های پایه است. برای مثال، در برخی موارد، استفاده بیش از حد از ابزارهای دیجیتال باعث می شود که دانش آموزان مهارت های نوشتاری و محاسباتی خود را کمتر تمرین کنند. بنابراین، ایجاد توازن بین استفاده از فناوری و تقویت مهارت های سنتی و پایه اهمیت زیادی دارد. به علاوه، دسترسی نابرابر به فناوری می تواند منجر به شکاف دیجیتال شود و باعث نابرابری در فرصت های آموزشی گردد. در این راستا، برنامه ریزی و فراهم کردن امکانات لازم برای دسترسی عادلانه به فناوری در محیط های آموزشی از اهمیت ویژه ای برخوردار است.