اصول و نکات طراحی آغازگر جهت واکنش زنجیره ای پلیمراز

در مهندسی ژنتیک، آغازگر به یک قطعه­ ی الیگونوکلئوتیدی (۲۶-۱۸جفت باز) اطلاق می­شود که توانایی اتصال به دی.ان.ا هدف را داشته و نقشی حیاتی در اختصاصیت واکنش PCR ایفا می­ کند. یکی از مهمترین معیارهایی که بر موفقیت فرآیند PCR تاثیرگذار است، طراحی یک آغازگر مناسب است. اگر تمامی شرایط برای یک PCR خوب فراهم باشد، ولی فقط از یک آغازگر نامناسب استفاده شود، در انتهای کار، محصول بسیار اندک با ناخالصی­ های فراوان تولید می­شود، یا ممکن است هیچ محصولی تولید نشود. این پدیده می­تواند به علت اتصالات غیر اختصاصی آغازگر به الگو و یا تشکیل دایمر آغازگر اتفاق بیفتد. برای طراحی یک آغازگر کارا برای فرآیند PCR، باید پارامترهای متنوعی را همچون طول آغازگر، دمای ذوب (Thermal Melting)، میزان GC، انتهای ˊ۳ آغازگر، انتهایˊ۵ آغازگر، تشکیل آغازگردایمر، تشکیل حلقه و ساختارهای سنجاق­ سری را مورد توجه و بررسی قرار داد. در این مقاله سعی شده اصول و نکات طراحی یک آغازگر مناسب شرح داده شود و تمامی پارامترها مورد بحث قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

Primer design ، PCR ، Primer dimer ، Hairpin ، طراحی آغازگر ، PCR ، دایمرآغازگر ، ساختار سنجاق سری