مدل سازی ساختار سه بعدی پروتئین Rec A جدا شده از باکتری داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O

شکست های DNA دو رشته ای (DSB) از مخرب ترین آسیب های ناشی از تشعشعات یونیزه کننده به سلول است. مقاومت نسبت به شرایط سخت تشعشعات یونیزه کننده، نور UV و خشکی از ویژگی های خاص اعضاء جنس داینوکوکوس می-باشد. به منظور حفظ بقا در برابر آسیب های ناشی از تشعشعات، باکتری داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O دارای پروتئین Rec A است که این پروتئین نقش محوری در ترمیم شکست های DSB و نوترکیبی دارد. در این پژوهش، ساختار سه بعدی پروتئین Rec A جدا شده از داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O که به روش تجربی تعیین ساختار نشده است به کمک همترازی با توالی داینوکوکوس رادیودورانس توسط برنامه Swiss model شبیه سازی گردید. نتیجه همترازی صورت گرفته نشان داد که پروتئین Rec A در مقایسه با ژن انسانی ۸۰ درصد مشابهت دارد. به جهت بررسی کیفیت مدل سازی، میزان میانگین مربع محاسبه شده در مدل مذکور ۵۶/۰ آنگستروم برآورد شد که این مقدار کمتر از ۱ بود و نشان دهنده مناسب بودن مدل طراحی شده است. با پیش بینی و تعیین ساختارهای سه بعدی و مدل سازی پروتئین ها می توان برهمکنش های بین سوبستراها را بررسی کرد و با کمک علم بیوانفورماتیک، در زمینه طراحی داروها ابزاری به موفقیت های بزرگی در این حوزه کسب کرد.

کلیدواژه ها:

داینوکوکوس گوبینسیس ، داینوکوکوس رادیودورانس ، Rec A ، Swiss model