شناسایی قطعات الیگونوکلئوتیدی شاخص در ژنوم ویروس هپاتیت سی در فرار از مکانیسم اینترفرونی با استفاده از روش های وزن دهی در داده کاوی

مقدمه: حضور قطعات کوتاه الیگونوکلئوتیدی تشکیل دهنده ژنوم ویروس ها، منحصر به فرد بوده و تفاوت در فراوانی آن ها در بین گونه های مختلف، نقش بسزایی در بیماری زایی گونه ویروسی ، فرار از سیستم ایمنی و پاسخ به درمان ضد ویروسی  ایفا می کند. داده کاوی و استفاده از مدل های وزن دهی از جمله روش هایی است که به نظر می رسد در شناسایی این قطعات شاخص می تواند کمک کننده باشد. با توجه به اهمیت حضور قطعات الیگونوکلئوتیدی شاخص در توالی ژنومی ویروس هپاتیت C در مقاومت به درمان اینترفرونی و فرار از سیستم ایمنی ذاتی میزبان در این مطالعه تصمیم گرفته شد این قطعات شاخص، با به کارگیری مدل های وزن دهی بر روی توالی ژنومی ویروس هپاتیت C مورد شناسایی قرار گیرد. روش کار: در این مطالعه تصمیم گرفته شد برای اولین بار، با به کارگیری ده مدل مختلف وزن دهی ، قطعات الیگونوکلئوتیدی کوتاه از جمله، توالی های دی نوکلئوتیدی، تری نوکلئوتیدی و تترا نوکلئوتیدی  متمایز کننده دو گروه افراد آلوده به ویروس هپاتیت C (HCV)، با پاسخ درمانی متفاوت  به داروی اینترفرون (INF) مورد شناسایی  قرار گیرد. برای این هدف، ده مدل الگوریتم وزن دهی ( Weighting algorithms)، بر روی فراوانی نسبی قطعات الیگونوکلئوتیدی کوتاه تشکیل دهنده ژنوم HCV ، در ژنوتیپ ۱a,۱b و ۲b در دو گروه از بیماران مقاوم و حساس به درمان اینترفرونی با استفاده از نرم افزار Rapid Miner اجرا و مورد ارزیابی قرار گرفت. یافته ها: در ادامه تعدادی از قطعات الیگونوکلئوتیدی ، از جمله UU, UA, UC در بین توالی های دی نوکلئوتیدی و  ,GUA, CUA, CGUA در بین توالی های تری نوکلئوتیدی و تترانوکلئوتیدی به طور معنی داری در بین دو گروه از افراد متفاوت بودند، که با توجه به مطالعات قبلی حضور این توالی ها نقش مهمی در پاسخ اینترفرونی بر علیه ویروس ها ایفا می کند.  نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که  با به کارگیری مدل های مختلف وزن دهی در داده کاوی می توان شاخص های مهم ژنومی ویروس را که در فرار سیستم ایمنی میزبان و درمان های  ضد ویروسی  موثر هستند، در مراحل اولیه پیش بینی کرده و در ادامه، در مطالعات تجربی، برای طراحی دارو و واکسن آن ها را مورد هدف قرار داد.

کلیدواژه ها:

Weighting algorithms ، Data mining ، Genome sequences ، Oligonucleotide fragments ، مدل های وزن دهی ، داده کاوی ، توالی ژنومی ، قطعات الیگونوکلئوتیدی