برازش شبکه برهمکنش پروتئین های موثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده های بیان ژن

مقدمه : صفات تولیدمثلی در صنعت دامپروری از اهمیت بالایی برخوردار است که این اهمیت به مرورزمان در حال افزایش است. این اهمیت به دلیل تاثیر مستقیمی است که این صفات بر سودآوری واحدهای دامپروری دارند و این مسئله روزبه روز موردتوجه بیش تری قرار می گیرند. نرخ باروری یکی از صفات مهم در حوزه دامداری است که به توانایی یک دام در تولید نسل و نسل جدید اشاره دارد. برای تولیدکنندگان دام، نرخ باروری اهمیت زیادی دارد، زیرا افزایش این نرخ باعث بهبود در میزان تولید و بهره وری واحد دامپروری می ­شود. در زمینه دانش بیوانفورماتیک، یافتن ژن ها در میان توالی های ژنومی از اهمیت به سزایی برخوردار است. ژن ها واحد اصلی و اساسی وراثت هستند و اطلاعات مربوط به ساختار و عملکرد سلول ها و ارگانیسم ها را در خود جای داده اند. این مطالعه باهدف بررسی شبکه برهمکنش پروتئین­های موثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده های بیان ژن اجراشده است. مواد و روش ­ها: برای بررسی سازوکارهای اثر ریز ریبونوکلئیک اسیدها بر خصوصیت باروری، از طریق داده کاوی ناحیه ژن ها، به جستجوی ژن جدید و سازوکار احتمالی مرتبط با صفت مزبور در گاو پرداخته شد. ژن های مرتبط با باروری در گاو، از پایگاه اطلاعاتی NCBI جستجو شد، سپس توسط GEO۲R و با استفاده از نرم افزار R نتایج، تجزیه وتحلیل گردید و پس از آن، شبکه بین ژنی، توسط پایگاه اطلاعاتی String ایجاد گردید. هم چنین از پایگاه DAVID برای مطالعه بیولوژیکی ژن ها، استفاده شد و در پایان، ارتباط به دست آمده، توسط نرم افزار Cytoscape مجسم سازی شد. نتایج : یافته های این تحقیق نشان داده اند که ژن های زیادی ازجمله CDK۱، PPP۲R۳C، NDC۸۰، ENY۲، WDR۱۲، MRPL۲۷، LAPTM۵، C۱QB، MCM۵ و TPX۲ توسط مسیرهای بیولوژیکی مختلف در بافت آندومتریم اثر می گذارند. این اثرات می توانند به طرق مختلفی بر باروری حیوانات تاثیر بگذارند و از این طریق به بهبود عملکرد تولیدی آن ها کمک کنند و به عبارت دیگر، ژن های موردبررسی توانمندند که از طریق مسیرهای بیولوژیکی در بافت آندومتریم دیوار رحم تنظیم شوند و درنتیجه، بر اموری مانند باروری حیوانات تاثیرگذار باشند. بحث و نتیجه ­گیری: این مطالعه ممکن است به دامداران این امکان را بدهد تا استراتژی های بهینه تری را برای بهبود باروری حیوانات اجرا کنند.

کلیدواژه ها:

باروری گاوشیری ، بیان ژن ، پروتئین های موثر ، شبکه برهمکنش ، شبکه ژنی