تعیین بیوانفورماتیکی ژنهای کلیدی موثر در حساسیت به ایندول-۳-کاربینول در رده سلولی سرطانی ۷-MCF

ایندول-۳-کاربینول یک ترکیب طبیعی موجود در انواع سبزیجات چلیپائی است که اثرات ضدسرطانی آن در مطالعات بسیاری گزارش شده است. در این مطالعه تاثیر ایندول-۳-کاربینول بر بیان ژن در رده سلولی سرطان پستان ۷-MCF برای شناسایی ژنهایی که در حساسیت به ایندول-۳-کاربینول نقش مهمی دارند بررسی شد. ابتدا داده های ریزآرایه از GSE۵۵۸۹۷ برای یافتن ژنهای تغییر بیان یافته از پایگاه GEO در سلول ۷-MCF تحت درمان ایندول-۳-کاربینول استخراج و بررسی شدند. برهمکنش پروتئین-پروتئین با استفاده از پایگاه داده STRING و برنامه Cytoscape تجزیه و تحلیل شد. در مجموع ۶۷۴۸ ژن تغییر بیان یافته (|log۲FC| > ۰.۰۵ و adjusted P value < ۰.۰۵) در مجموعه داده ی GSE۵۵۸۹۷ یافت شد. در سلول های ۷-MCF تیمار شده با ایندول-۳-کاربینول، ۲۹۰۱ ژن افزایش بیان و ۳۸۴۷ ژن کاهش بیان نشان دادند. ژنهای EP۳۰۰ و ESR۱ بالاترین امتیاز را در شبکه پروتئین-پروتئین بر اساس رتبه بندی الگوریتم درجه در Cytoscape نشان دادند. ژنهای EP۳۰۰ و ESR۱ به عنوان ژنهای کلیدی انتخاب شدند. این مطالعه نشان داد که یکی از مکانیسم های مولکولی ایندول-۳-کاربینول در سلول های سرطان پستان از نوع ESR-Positive از طریق کاهش بیان ژن ESR۱ است. بنابراین ایندول-۳-کاربینول می تواند به عنوان یک عامل ضدسرطانی امیدوارکننده در ترکیب با درمان های مرسوم برای سرطان پستان از نوع ESR-Positive استفاده شود.

کلیدواژه ها:

ایندول-۳-کاربینول ، سبزیجات چلیپائی ، سرطان پستان