مدل سازی وبررسی برهمکنش آنزیم رامنوگالاکتورونیداز با سوبسترای مناسب: باکتری باکتروئیدس زیلانوسالونس، میکروبیوتای معده

باکتری باکتروئیدس زیلانوسالونس که از میکروبیوتای روده محسوب می شود، سبب تجزیه دیواره سلولی سلول های گیاهی می شود و بدین ترتیب در هضم و جذب فیبرهای گیاهی توسط روده انسان بسیار موثر است. باکتری این عمل را با کمک آنزیم رامنوگالاکتورونیداز انجام می دهد که سبب هیدرولیز پیوندهای گلایکوزیدیک می شود. این آنزیم جز آنزیم های گلایکوزیل هیدرولاز می باشد که عمل تجزیه قندهای پیچیده مانند سلولز، همی سلولز و پکتین را برعهده دارد. این پروتئین دارای نقش آنزیمی به نام رامنوگالاکتورونیداز از باکتری باکتروئیدس زیلانوسولوس استخراج شده که گزارش های کمی  در زمینه ی تعیین ساختار این آنزیم وجود دارد. در این پژوهش، مدل سازی  آنزیم رامنوگالاکتورونیداز با استفاده از نرم افزار مدلر۱۷/۹  انجام شد که پس از انتخاب بهترین مدل، کمینه سازی انرژی و ارزیابی کیفی مدل با روش­های محاسباتی موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسی عملکرد آنزیم، میان کنش آن با سوبسترای مناسب (پکتین) با نرم افزارهای داکینگ مورد بررسی قرار گرفت. این بررسی سبب شناسایی اسیدآمینه های مهم در اتصال آنزیم به پکتین شد و نتایج نشان داد که مدل ارائه شده جهت بررسی میان کنش آنزیم - سوبسترا، مدل مطلوبی می باشد.

کلیدواژه ها:

میکروبیوتای روده ، رامنوگالاکتورونیداز ، پکتین ، گلیکوزید هیدرولاز ، شبیه سازی پویایی مولکولی